EPI_preProcess.py

#!/usr/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-

import sys
import EPI_aux as aux
import EPI_gene as drv
import EPI_land as lnd
from datetime import datetime
import MoNeT_MGDrivE as monet
from joblib import Parallel, delayed


if monet.isNotebook():
    (USR, SET, DRV, AOI, LND) = ('lab', 'Set01', 'MND', 'HLT', 'PAN')
    (OVW, JOB) = (True, aux.JOB_DSK)
else:
    (USR, SET, DRV, AOI) = (
        sys.argv[1], sys.argv[2], sys.argv[3], sys.argv[4], sys.argv[5]
    )
    (OVW, JOB) = (True, aux.JOB_SRV)
###############################################################################
MF = drv.maleFemaleSelector(AOI)
###############################################################################
EXPS = aux.EXPS
exp = EXPS[0]
# for exp in EXPS:
###########################################################################
# Setting up paths and style
###########################################################################
(drive, land) = (
    drv.driveSelector(DRV, AOI, popSize=aux.POP_SIZE),
    lnd.landSelector(LND)
)
(gene, fldr) = (drive.get('gDict'), drive.get('folder'))
(PT_ROT, PT_IMG, PT_DTA, PT_PRE, PT_OUT, PT_MTR) = aux.selectPath(USR, SET)
# Time and head -----------------------------------------------------------
tS = datetime.now()
monet.printExperimentHead(
    PT_DTA, PT_PRE, tS, 
    aux.XP_ID+' PreProcess [{}:{}:{}]'.format(DRV, exp, AOI)
)
###########################################################################
# Load folders
###########################################################################
(expDirsMean, expDirsTrac) = monet.getExpPaths(
    PT_DTA, mean='analyzed/', reps='traces/'
)
(expNum, nodeDigits) = (len(expDirsMean), len(str(len(land)))+1)
outNames = aux.splitExpNames(PT_PRE)
outExpNames = set(outNames)
###########################################################################
# Analyze data
###########################################################################
Parallel(n_jobs=JOB)(
    delayed(monet.preProcess)(
            exIx, expNum, expDirsMean, expDirsTrac, gene,
            analysisOI=AOI, prePath=PT_PRE, nodesAggLst=land,
            outExpNames=outExpNames, fNameFmt='{}/{}-{}_', OVW=OVW,
            MF=MF, cmpr='bz2', nodeDigits=nodeDigits
    ) for exIx in range(0, expNum)
)