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<!DOCTYPE html>
<html lang="" xml:lang="">
<head>
<title>chapter_10.knit</title>
<meta charset="utf-8" />
<meta name="author" content="" />
<script src="libs/header-attrs-2.21/header-attrs.js"></script>
<link href="libs/remark-css-0.0.1/default.css" rel="stylesheet" />
<link rel="stylesheet" href="css/Font_Style.css" type="text/css" />
</head>
<body>
<textarea id="source">
class: center, middle
<span style="font-size: 60px;">第十章</span> <br>
<span style="font-size: 50px;"> Git and Tidy Codes</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">版本控制与整洁的代码</span> <br>
<br>
<br>
<span style="font-size: 30px;">胡传鹏</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">2023/05/08</span> <br>
---
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<span style="font-size: 60px;">10.1 Git and GitHub</span></center> <br>
<span style="font-size: 60px;">10.2 Files and Folders System</span></center> <br>
<span style="font-size: 60px;">10.3 Tidy Code</span></center> <br>
<span style="font-size: 60px;">10.4 OCD-level Codes</span></center> <br>
<br>
---
<br>
<br>
<br>
<br>
<span style="font-size: 60px;">10.1 Git and GitHub</span></center> <br>
<br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.1.1 Download Git</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.1.2 Sign up GitHub</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.1.3 New repository</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.1.4 Download GitHub Desktop</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.1.5 GitHub Desktop: Clone repository</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.1.6 Create README</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.1.7 First Commit</span> <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.1 Download Git</h1>
<img src="./picture/chp10/git.png" width="100%"> <br>
- Git是版本控制的工具，GitHub是存放你历史版本的平台 <br>
- 首先，我们要下载Git https://git-scm.com/downloads <br>
- ~~(可能你直接安装GitHub Desktop也会自动安装Git)~~
---
## <h1 lang="en">10.1.2 Sign up GitHub</h1>
<img src="./picture/chp10/signup_github_1.png" width="100%"> <br>
- 注册一个GitHub账号 https://github.com <br>
- ~~推荐使用outlook, gmail, icloud, hotmail, yahoo等"你懂的"邮箱~~
---
## <h1 lang="en">10.1.3 New repository</h1>
<img src="./picture/chp10/new_repo.png" width="100%"> <br>
- 在自己的用户界面找到repository，点击new <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.3 New repository</h1>
<img src="./picture/chp10/repo_name.png" width="70%"> <br>
- 设定一个repository的名字，然后点击create repository <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.4 Download GitHub Desktop</h1>
<img src="./picture/chp10/github_desktop.png" width="100%"> <br>
- 下载安装 GitHub Desktop https://desktop.github.com/ <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.5 GitHub Desktop: Clone repository</h1>
<img src="./picture/chp10/desktop_clone.png" width="100%"> <br>
- 打开GitHub Desktop，点击 Add -- Clone repository <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.5 GitHub Desktop: Clone repository</h1>
<img src="./picture/chp10/desktop_clone_path.png" width="90%"> <br>
- 选择你刚刚创建的repository <br>
- 设定你想保存的本地地址，点击clone <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.5 GitHub Desktop: Clone repository</h1>
<img src="./picture/chp10/hide_file.png" width="100%"> <br>
- 点击"查看"，点击"显示隐藏的项目" <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.5 GitHub Desktop: Clone repository</h1>
<img src="./picture/chp10/git_hide.png" width="100%"> <br>
- 可以看到一个半透明的git文件夹 <br>
- git文件夹内会记录你对Example这个文件夹的每一次修改 <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.6 Create README</h1>
<img src="./picture/chp10/README.png" width="100%"> <br>
- 我们创建一个READEME <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.7 First Commit</h1>
<img src="./picture/chp10/README_commit.png" width="90%"> <br>
- 左下角，如果你只是更改了一个文件，GitHub Desktop会自动帮你命名(版本名) <br>
- 你只需要写一个Description来描述你这一次做了些什么<br>
- 写完后点击Commit to main <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.7 First Commit</h1>
<img src="./picture/chp10/publish_branch.png" width="90%"> <br>
- 点击右侧的publish_branch，上传到GitHub <br>
- (如果是第二次写commit，这里会变成push origin) <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.7 First Commit</h1>
<img src="./picture/chp10/readme_web.png" width="100%"> <br>
- README会在网页上显示，方便他人查看 <br>
---
<br>
<br>
<br>
<br>
<span style="font-size: 60px;">10.2 Files and Folders System</span></center> <br>
<br>
<span style="font-size: 30px;"> - 10.2.0 Root Directory</span> <br>
<span style="font-size: 30px;"> - 10.2.1 "1_Protocol"</span> <br>
<span style="font-size: 30px;"> - 10.2.2 "2_Literature_Search"</span> <br>
<span style="font-size: 30px;"> - 10.2.3 "3_Article_Screen"</span> <br>
<span style="font-size: 30px;"> - 10.2.4 "4_Data_Extraction"</span> <br>
<span style="font-size: 30px;"> - 10.2.5 "5_Analysis"</span> <br>
<span style="font-size: 30px;"> - 10.2.6 "6_Reports"</span> <br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Reference: <br>
[https://psych-transparency-guide.uni-koeln.de/folder-structure.html](https://psych-transparency-guide.uni-koeln.de/folder-structure.html)
---
## <h1 lang="en">10.2.0 Root Directory </h1>
<br>
- 1_Protocol <br>
- 2_Literature_Search <br>
- 3_Article_Screen <br>
- 4_Data_Extraction <br>
- 5_Analysis <br>
- 6_Reports <br>
<br>
- .git <br>
- .gitignore <br>
- README.md(.txt) <br>
---
## <h1 lang="en">10.2.1 "1_Protocol"</h1>
<img src="./picture/chp10/1_protocol.png" width="120%"> <br>
- 包含"预注册报告的文章"和"该研究会用到的所有代码" <br>
- 当然，这些代码是使用模拟数据运行的 <br>
- About.txt是类似README一样的说明文档 <br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">10.2.2 "2_Literature_Search"</h1>
<img src="./picture/chp10/2_literature_search.png" width="120%"> <br>
- 这一部分相对自由 <br>
- 主要包含了你在进行这个项目中阅读过的参考文献 <br>
- 这个文件夹通常会被放在gitignore中，因为这些pdf并不需要被上传到GitHub <br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">10.2.3 "3_Article_Screen"</h1>
<img src="./picture/chp10/3_article_screen.png" width="120%"> <br>
- 例如，助教乙一般会在这里存放Endnote文件 <br>
- 阅读文献时的笔记，也可以记录在Endnote中 <br>
- 这个文件夹内的文件可以忽略，也可以保留 <br>
- 例如，助教乙上传了".enl"文件，这样当他在其他电脑上修改文章中的引用信息时，仍然可以使用Endnote来管理 <br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">10.2.4 "4_Data_Extraction"</h1>
<img src="./picture/chp10/4_data_extraction.png" width="90%"> <br>
- 这个文件夹内存放你所有的实验数据 <br>
- 图片中的项目是对SPMT这个范式进行信度分析 <br>
- 因此有一份传鹏自己的数据，以及其他很多公开的数据 <br>
- 这部分的文件也相对自由，你需要根据自己的实验来整理 <br>
- 比如4_1_Study1, 4_2_Study2 <br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">10.2.5 "5_Analysis"</h1>
<img src="./picture/chp10/5_analysis.png" width="60%"> <br>
- 这个部分存放你正式实验时的分析代码 <br>
- 今天的Example就是单独将这一部分演示了上传与同步GitHub <br>
- 当你正式开展一个项目时，应该包含10.2 Files and Folders System 的所有内容 <br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">10.2.6 "6_Reports"</h1>
<img src="./picture/chp10/6_reports.png" width="120%"> <br>
- 这个部分存放你汇报时的PPT <br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">Extra</h1>
<img src="./picture/chp10/jyqwbxqz.png" width="100%"> <br>
- 不要让你的文件夹外部看起来非常整洁 <br>
- 但当打开几个文件夹后，内部文件的存放毫无逻辑 <br>
---
<br>
<br>
<br>
<br>
<span style="font-size: 60px;">10.3 Tidy Code</span></center> <br>
<br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.3.1 Create a R project</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.3.2 Create a R markdown</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.3.3 Write Codes in Chunks</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.3.4 Create Folders</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.3.5 Create Lists for (df, out, p,...)</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.3.6 df: Clean Data</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.3.7 out: MANOVA</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.3.8 plot: ggplot2</span> <br>
---
## <h1 lang="en">10.3.1 Create a R project</h1>
<img src="./picture/chp10/new_project.png" width="100%"> <br>
- 如果你要做一个新的项目，创建一个R project <br>
---
## <h1 lang="en">10.3.1 Create a R project</h1>
<img src="./picture/chp10/new_project_path.png" width="90%"> <br>
- 设定路径为我们刚刚创建的git文件夹Example <br>
---
## <h1 lang="en">10.3.1 Create a R project</h1>
<img src="./picture/chp10/new_project_window.png" width="90%"> <br>
- 创建完成后会打开一个新的R studio窗口 <br>
- (可以看到R studio识别到这是一个git文件夹，自动帮我们创建了R相关的.gitignore) <br>
---
## <h1 lang="en">10.3.2 Create a R markdown</h1>
<img src="./picture/chp10/new_rmarkdown.png" width="100%"> <br>
- 创建一个rmarkdown用来写代码 <br>
- 不要创建R script, 它没有Chunk，代码会很乱<br>
---
## <h1 lang="en">10.3.2 Create a R markdown</h1>
<img src="./picture/chp10/create_rmarkdown_title.png" width="90%"> <br>
- 给这个Rmarkdown取一个名字，最好使用驼峰式大小写，最好不要加空格<br>
- ~~(如果你没有强迫症，可以全部小写或全部大写)~~ <br>
---
## <h1 lang="en">10.3.2 Create a R markdown</h1>
<img src="./picture/chp10/new_rmarkdown_1.png" width="100%"> <br>
- 这就算创建好了一个R markdown，会有默认的几行代码作为示例<br>
---
## <h1 lang="en">10.3.2 Create a R markdown</h1>
<img src="./picture/chp10/new_rmarkdown_save.png" width="90%"> <br>
- 保存这个R markdown，名字可以与之前的Title一致，也可以不一致<br>
- ~~强迫症一定会写一致~~ <br>
- 你刚刚只是创建了这个R markdown，可以在右侧的Files看到，并没有rmd文件<br>
---
## <h1 lang="en">10.3.3 Write Codes in Chunks</h1>
<img src="./picture/chp10/chunk_library.png" width="100%"> <br>
- 一个Chunk由这样几部分组成<br>
1. 三个 "`" 数字键1左边的点，表示这个Chunk的开始<br>
2. 大括号 "{}" 字母键P右边，表示这个Chunk内的语言是什么语言<br>
3. 大括号内， ","逗号后的argument，比如warning = FALSE 意味着这段Chunk在运行后不会出现warning<br>
4. 三个 "`" 表示这个Chunk的结束<br>
5. 最右侧的绿色三角，表示运行这个Chunk
<br>
_- 一些强迫症的东西_<br>
_a. 等号左右的空格_<br>
_b. 逗号后面的空格_<br>
_c. 赋值符号 " <- " 左右的空格_<br>
---
## <h1 lang="en">10.3.3.1 Notes</h1>
```r
# Scientific notation
options(scipen = 999)
# Convert data.frame to data.table
setDT(df.split)
# setting subject and splitting the data by var1, var2, var3
split_data <- split(df.split, list(df.split[[sub]], df.split[[var1]],
df.split[[var2]], df.split[[var3]]))
```
- 每写一行代码，写一行注释 <br>
- 如果你让GPT帮你写代码(比如这里的代码)，他自然就会给每行代码添加注释 <br>
<br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">10.3.3.2 Variable Names</h1>
```r
# 局部变量的变量名可以不带任何定语,状语
data <- read.csv("./yourdata.csv")
# 当然这不是真正意义上的局部变量。只是说这个变量只在这个chunk中使用
# 这样的局部变量，在使用完后，一定要清除
rm(data)
# 全局变量的变量名尽可能用简单的字母描述他是什么
df.icc <- df.raw %>%
dplyr::filter(ACC == 1 | ACC == 0)
# 其实，除非你在function内写代码，你的变量都是全局变量
# 我这里指的全局变量是你在之后的代码中依然会使用的变量
# 因此它的名字一定是可以让你直觉的想到，这是做什么的
```
- 但是这种做法也有弊端 <br>
- 当你需要用到非常多变量的时候，如果所有变量都是全局变量，再标准化的变量名，也不能让读者甚至让你自己明白这个变量指代的是什么 <br>
<br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">10.3.3.2 Variable Names</h1>
<img src="./picture/chp10/badexample.png" width="100%"> <br>
- 你也不想你的代码变成这样吧 <br>
<br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">10.3.4 Create Folders</h1>
<img src="./picture/chp10/folders.png" width="80%"> <br>
- 助教乙认为更好的方法是将每一步操作，每一个结果都存放进list中 <br>
- 首先，我们创建三个文件夹，分别用来存放数据，结果和图片
---
## <h1 lang="en">10.3.5 Create Lists for (df, out, p,...)</h1>
<img src="./picture/chp10/NULL_list.png" width="100%"> <br>
- 代码中，我们对应创建三个list <br>
- 分别存放所有的数据集，所有的结果文件，所有的图片<br>
---
## <h1 lang="en">10.3.6 df: Clean Data</h1>
<img src="./picture/chp10/df_clean_data.png" width="90%"> <br>
- 每一步操作，对应df这个list中的一个元素 <br>
- 做完每一步操作，都给这个list中的对应元素命名 <br>
- Chunk的名字，很多时候比Notes注释更好用。
---
## <h1 lang="en">10.3.6 df: Clean Data</h1>
<img src="./picture/chp10/cleandata_example.png" width="100%"> <br>
- 尤其是当你做完每一个清洗数据的Chunk，然后把所有Chunk收起时 <br>
- 你的每一步操作，一目了然 <br>
<br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">10.3.6 df: Clean Data</h1>
<img src="./picture/chp10/cleandata_list.png" width="110%"> <br>
- 点开df这个list <br>
- 相较于全局变量中的变量名，list中元素的名称可以更长，更多"非法字符" <br>
- 换句话说，更容易让你自己理解每一步在做什么 <br>
<br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">10.3.6 df: Clean Data</h1>
<img src="./picture/chp10/df_environment.png" width="100%"> <br>
- 同时，这样也可以保证你的Global Environment很干净 <br>
---
## <h1 lang="en">10.3.6 df: Clean Data</h1>
<img src="./picture/chp10/cleandata_bad.png" width="80%"> <br>
- 你也不想你的Global Environment变成这样吧 <br>
<br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">10.1.8 Second Commit</h1>
<img src="./picture/chp10/second_commit.png" width="100%"> <br>
- 假设今天做到这里下班了，你可以上传你刚刚的成果到GitHub上 <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.8 Second Commit</h1>
<img src="./picture/chp10/second_commit_web.png" width="80%"> <br>
- 网页上会显示你刚刚的更新 <br>
---
## <h1 lang="en">10.3.7 out: MANOVA</h1>
<img src="./picture/chp10/OUTPUT_1.png" width="80%"> <br>
- 我们新建一个RMD来写结果部分的代码 <br>
- 你可能现在觉得，之前Clean Data的RMD只有几行，为什么不接着写，而要重开一个新的RMD <br>
- 但如果当你所有代码有上千行的时候，都放在一个RMD里，哪怕你标题层级再清晰，也会很难找到你想修改的那部分代码了 <br>
---
## <h1 lang="en">10.3.8 plot: ggplot2</h1>
<img src="./picture/chp10/palette.png" width="100%"> <br>
- 再新建一个RMD写画图的代码 <br>
- 为了画图，我们预先设定好一个调色盘palette，便于之后提取颜色 <br>
- ~~颜色搭配来源于知乎~~ <br>
- 由于三种颜色组合都被存入了list palette中，因此这三个颜色变量就是冗余数据了，应该及时从环境变量中清除 <br>
---
## <h1 lang="en">10.3.8 plot: ggplot2</h1>
<img src="./picture/chp10/ggplot2.png" width="100%"> <br>
- 用ggplot2画一个雨云图 <br>
- 与之前类似，将图片存入list中，并且命名为"RainCloud Plot" <br>
- 具体画法将在下一节课讲解 <br>
---
## <h1 lang="en">10.3.8 plot: ggplot2</h1>
<img src="./picture/chp10/plot.png" width="100%"> <br>
---
## <h1 lang="en">10.1.9 Third Commit</h1>
<img src="./picture/chp10/third_commit.png" width="100%"> <br>
- 至此我们就算用整洁的代码完成一个项目了 <br>
---
## <h1 lang="en">Extra</h1>
<img src="./picture/chp10/code_file.png" width="100%"> <br>
- 做完后，感觉还可以更整洁一点，就把所有代码RMD文件放在了code文件夹中 <br>
---
<br>
<br>
<br>
<br>
<span style="font-size: 60px;">10.4 OCD-level Codes</span></center> <br>
<br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.4.3 Separate Codes</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.4.4 Functions</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">- 10.4.5 Packages</span> <br>
---
## <h1 lang="en">10.4.1 Separate Codes</h1>
<img src="./picture/chp10/separate_codes.png" width="100%"> <br>
- 第一步，其实我们在刚刚的操作中几乎完成了 <br>
- 我们将清洗数据，方差分析和画图的代码分开了 <br>
- 但如果你代码中总会重复同一个操作，那么单单将不同内容的代码分开，可能并不能让代码更简洁 <br>
---
## <h1 lang="en">10.4.2 Functions</h1>
<img src="./picture/chp10/create_R.png" width="100%"> <br>
- 创建一个R script文件 <br>
- 将我们的重复操作变成一个函数 <br>
- 注意：`source()`和打包，都只识别R script，而不识别R markdown <br>
---
## <h1 lang="en">10.4.2 Functions</h1>
```r
myfunction <- function(df, Sub = "Sub", var1, var2, y) {
df.clean <- df %>%
# 输入的是字符串，需要用!!sym()将字符串转化为dplyr识别的列名
dplyr::group_by(!!sym(Sub), !!sym(var1), !!sym(var2)) %>%
dplyr::summarise(RT_mean = mean(!!sym(y))) %>%
dplyr::ungroup()
return(df.clean)
}
```
- 一个函数由这几部分构成 <br>
- 小括号内的argument，大括号内的函数本体 <br>
- 本质上是你告诉函数argument是什么，函数将这些argument带入本体中进行运算 <br>
- 最终返回一个你设定好的东西，可能是图片，可能是表格，可能是一个向量 <br>
- NOTE: 如果你在小括号内设定了某个argument的值，则是在设定这个argument的默认值 <br>
---
## <h1 lang="en">10.4.2 Functions</h1>
<img src="./picture/chp10/cleandata_withmyfunction.png" width="100%"> <br>
- 如果你的重复操作(比如这里的清洗数据)非常长 <br>
- 那么使用function可以帮你节约很多行 <br>
- 最重要的是，这样代码看起来非常整洁(强迫症狂喜) <br>
<br>
- 但其实大多数情况下清洗数据并不会使用函数来封装，你需要展示你清洗数据的细节 <br>
- 当你需要重复计算某个值时，比如我想计算某个数据集的D prime，才会使用到函数 <br>
---
## <h1 lang="en">10.4.2 Functions</h1>
```r
source("../functions/Functions.R")
```
- 如果你写了非常多的函数，可以用source命令一次调取 <br>
- 但这样的做法会让你的Global Environment充斥着函数 <br>
<img src="./picture/chp10/functions_inGE.png" width="80%"> <br>
- 你也不想你的Global Environment变成这样吧 <br>
<br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1 lang="en">10.4.5 Packages</h1>
- 或许最整洁的方法，是把自己写的函数打包 <br>
- 但这一部分可能比较困难，会出现很多bug <br>
- 有兴趣的可以去助教乙的GitHub上看PPT学习(遇到bug问助教乙) <br>
https://github.com/sinnyuki/Presentation/tree/main/230511_foreach%26package/PPT
<br>
<img src="./picture/chp10/anya.png" width="50%"> <br>
---
## <h1 lang="en">10.4.5 Packages</h1>
<img src="./picture/chp10/batch_shr.png" width="100%"> <br>
- 比如我想计算一个数据集的蒙特卡洛分半信度(是否是蒙特卡洛，2种可能)<br>
- 每种指标的分半信度我都想计算，比如rt，acc，dprime等等(6种Indice) <br>
- 我还想指定这个分半信度是针对Self和Friend之间的，还是Self和Stranger之间的(2种Target) <br>
- 这种情况下，如果我要写函数，全局变量会出现2x6x2 = 24个函数 <br>
- 但是封装成包后，就只有一个命令 batch::shr <br>
<br>
_仅供举例，非Example中内容_
---
## <h1>小结</h1>
- Git & Github: 代码管理与版本控制<br>
- 项目管理：文件夹管理系统R Project <br>
- 代码管理：变量名管理、tidy风格、与封装（函数、打包） <br>
</textarea>
<style data-target="print-only">@media screen {.remark-slide-container{display:block;}.remark-slide-scaler{box-shadow:none;}}</style>
<script src="https://remarkjs.com/downloads/remark-latest.min.js"></script>
<script>var slideshow = remark.create({
"highlightStyle": "github",
"highlightLines": true,
"countIncrementalSlides": false
});
if (window.HTMLWidgets) slideshow.on('afterShowSlide', function (slide) {
window.dispatchEvent(new Event('resize'));
});
(function(d) {
var s = d.createElement("style"), r = d.querySelector(".remark-slide-scaler");
if (!r) return;
s.type = "text/css"; s.innerHTML = "@page {size: " + r.style.width + " " + r.style.height +"; }";
d.head.appendChild(s);
})(document);
(function(d) {
var el = d.getElementsByClassName("remark-slides-area");
if (!el) return;
var slide, slides = slideshow.getSlides(), els = el[0].children;
for (var i = 1; i < slides.length; i++) {
slide = slides[i];
if (slide.properties.continued === "true" || slide.properties.count === "false") {
els[i - 1].className += ' has-continuation';
}
}
var s = d.createElement("style");
s.type = "text/css"; s.innerHTML = "@media print { .has-continuation { display: none; } }";
d.head.appendChild(s);
})(document);
// delete the temporary CSS (for displaying all slides initially) when the user
// starts to view slides
(function() {
var deleted = false;
slideshow.on('beforeShowSlide', function(slide) {
if (deleted) return;
var sheets = document.styleSheets, node;
for (var i = 0; i < sheets.length; i++) {
node = sheets[i].ownerNode;
if (node.dataset["target"] !== "print-only") continue;
node.parentNode.removeChild(node);
}
deleted = true;
});
})();
// add `data-at-shortcutkeys` attribute to <body> to resolve conflicts with JAWS
// screen reader (see PR #262)
(function(d) {
let res = {};
d.querySelectorAll('.remark-help-content table tr').forEach(tr => {
const t = tr.querySelector('td:nth-child(2)').innerText;
tr.querySelectorAll('td:first-child .key').forEach(key => {
const k = key.innerText;
if (/^[a-z]$/.test(k)) res[k] = t; // must be a single letter (key)
});
});
d.body.setAttribute('data-at-shortcutkeys', JSON.stringify(res));
})(document);
(function() {
"use strict"
// Replace <script> tags in slides area to make them executable
var scripts = document.querySelectorAll(
'.remark-slides-area .remark-slide-container script'
);
if (!scripts.length) return;
for (var i = 0; i < scripts.length; i++) {
var s = document.createElement('script');
var code = document.createTextNode(scripts[i].textContent);
s.appendChild(code);
var scriptAttrs = scripts[i].attributes;
for (var j = 0; j < scriptAttrs.length; j++) {
s.setAttribute(scriptAttrs[j].name, scriptAttrs[j].value);
}
scripts[i].parentElement.replaceChild(s, scripts[i]);
}
})();
(function() {
var links = document.getElementsByTagName('a');
for (var i = 0; i < links.length; i++) {
if (/^(https?:)?\/\//.test(links[i].getAttribute('href'))) {
links[i].target = '_blank';
}
}
})();
// adds .remark-code-has-line-highlighted class to <pre> parent elements
// of code chunks containing highlighted lines with class .remark-code-line-highlighted
(function(d) {
const hlines = d.querySelectorAll('.remark-code-line-highlighted');
const preParents = [];
const findPreParent = function(line, p = 0) {
if (p > 1) return null; // traverse up no further than grandparent
const el = line.parentElement;
return el.tagName === "PRE" ? el : findPreParent(el, ++p);
};
for (let line of hlines) {
let pre = findPreParent(line);
if (pre && !preParents.includes(pre)) preParents.push(pre);
}
preParents.forEach(p => p.classList.add("remark-code-has-line-highlighted"));
})(document);</script>
<script>
slideshow._releaseMath = function(el) {
var i, text, code, codes = el.getElementsByTagName('code');
for (i = 0; i < codes.length;) {
code = codes[i];
if (code.parentNode.tagName !== 'PRE' && code.childElementCount === 0) {
text = code.textContent;
if (/^\\\((.|\s)+\\\)$/.test(text) || /^\\\[(.|\s)+\\\]$/.test(text) ||
/^\$\$(.|\s)+\$\$$/.test(text) ||
/^\\begin\{([^}]+)\}(.|\s)+\\end\{[^}]+\}$/.test(text)) {
code.outerHTML = code.innerHTML; // remove <code></code>
continue;
}
}
i++;
}
};
slideshow._releaseMath(document);
</script>
<!-- dynamically load mathjax for compatibility with self-contained -->
<script>
(function () {
var script = document.createElement('script');
script.type = 'text/javascript';
script.src = 'https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML';
if (location.protocol !== 'file:' && /^https?:/.test(script.src))
script.src = script.src.replace(/^https?:/, '');
document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(script);
})();
</script>
</body>
</html>