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Python_03_problemset.md

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Python 3 Problem Set -- Strings

  1. O que é considerado sequências em Python?

  2. Qual é o comprimento da seguinte fita de DNA? Essa fita de DNA é uma sequência em Python?

GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTGCTTTCCACGACGGTGACACGCTTCCCTGGATTGGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCATGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGCCCCCTCTGAGTCAGGAAACATTTTCAGACCTATGGAAACTACTTCCTGAAAACAACGTTCTGTCCCCCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCTGTCCCCGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATTCGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTCCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTGAGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAGTGGAAGGAAATTTGCGTGTGGAGTATTTGGATGACAGAAACACTTTTCG

  1. Certifique-se de fazer commit das suas alterações ao longo do caminho. Você pode esperar até o final para enviá-las para o repositório remoto, se preferir, ou pode fazê-lo agora. É provavelmente inteligente fazer commit após cada pergunta do conjunto de problemas.

  2. No interpretador:

  • Crie uma variável chamada 'DNA' que contenha a sequência acima e que:
    • Conte o número de A's.
    • Conte o número de T's.
    • Conte o número de G's.
    • Conte o número de C's.

  1. No interpretador:

    • Crie uma variável chamada 'bird' com o conteúdo 'chicken'.
    • Converta o conteúdo de 'bird' para maiúsculas e imprima.

  2. Crie um script que conte o número de A's, T's, C's e G's, independentemente de maiúsculas ou minúsculas:

GATGGGATTggggttttccccTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTaaaaGttttGAGCTTCTCaaaaGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCggggACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTGCTTTCCACGACGGTGACACGCTTCCCTGGATTGGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCATGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGccccCTCTGAGTCAGGAAACAttttCAGACCTATGGAAACTACTTCCTGaaaaCAACGTTCTGTccccCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCTGTccccGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATTCGCCAGAGGCTGCTccccCCGTGGccccTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGccccTGCACCAGccccCTCCTGGccccTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGaaaaCCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTccccTGCCCTCAACAAGATGttttGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACAccccCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTGAGGCGCTGccccCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGccccTCCTCAGCATCTTATCCGAGTGGAAGGAAATTTGCGTGTGGAGTATTTGGATGACAGAAACACttttCG
  1. Encontre e substitua todas as instâncias de 'T' por 'U' nesta sequência de DNA. Comece com uma sequência de teste pequena para garantir que você esteja convertendo todas as T's em U's.
GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTGCTTTCCACGACGGTGACACGCTTCCCTGGATTGGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCATGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGCCCCCTCTGAGTCAGGAAACATTTTCAGACCTATGGAAACTACTTCCTGAAAACAACGTTCTGTCCCCCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCTGTCCCCGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATTCGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTCCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTGAGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAGTGGAAGGAAATTTGCGTGTGGAGTATTTGGATGACAGAAACACTTTTCG
  1. Faça a mesma substituição nesta sequência, observe as maiúsculas e minúsculas. Comece com uma pequena sequência de teste com maiúsculas e minúsculas para garantir que você esteja obtendo a contagem correta.
GATGGGATTggggttttccccTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTaaaaGttttGAGCTTCTCaaaaGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCggggACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTGCTTTCCACGACGGTGACACGCTTCCCTGGATTGGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCATGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGccccCTCTGAGTCAGGAAACAttttCAGACCTATGGAAACTACTTCCTGaaaaCAACGTTCTGTccccCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCTGTccccGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATTCGCCAGAGGCTGCTccccCCGTGGccccTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGccccTGCACCAGccccCTCCTGGccccTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGaaaaCCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTccccTGCCCTCAACAAGATGttttGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACAccccCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTGAGGCGCTGccccCACCATGAGCGCT
  1. Escreva um script que calcule o conteúdo AT nesta string de DNA. O conteúdo AT é a proporção de bases que são A ou T. Você precisará usar algumas funções matemáticas, bem como uma função Python. É SEMPRE uma boa ideia testar seu código com dados de teste. Por exemplo, na sequência abaixo, é longa e você não sabe ao certo quantas As e Ts estão presentes. Teste seu código com uma string de DNA que você SAIBA a resposta correta. Em AATTGGCCA, você sabe que tem 3 A's e 2 T's.
    • Agora, adicione linhas de código para calcular o conteúdo GC da sequência de DNA acima. Execute com dados de teste primeiro!
GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTGCTTTCCACGACGGTGACACGCTTCCCTGGATTGGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCATGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGCCCCCTCTGAGTCAGGAAACATTTTCAGACCTATGGAAACTACTTCCTGAAAACAACGTTCTGTCCCCCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCTGTCCCCGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATTCGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTCCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTGAGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAGTGGAAGGAAATTTGCGTGTGGAGTATTTGGATGACAGAAACACTTTTCG
  1. Extraia e imprima a substring do nucleotídeo número 100 (não o mesmo que seu índice) até o nucleotídeo número 200 nesta sequência de DNA. Comece com uma pequena sequência de teste para garantir que você esteja obtendo a subcadeia correta.
GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTGCTTTCCACGACGGTGACACGCTTCCCTGGATTGGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCATGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGCCCCCTCTGAGTCAGGAAACATTTTCAGACCTATGGAAACTACTTCCTGAAAACAACGTTCTGTCCCCCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCTGTCCCCGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATTCGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTCCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTGAGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAGTGGAAGGAAATTTGCGTGTGGAGTATTTGGATGACAGAAACACTTTTCG

  1. Conte o número de G's na sua substring

  2. Use esta sequência de DNA e conte os G's na sua substring (100-200), mas independente de maiúsculas e minúsculas:

GATGGGATTggggttttccccTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTaaaaGttttGAGCTTCTCaaaaGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCggggACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTGCTTTCCACGACGGTGACACGCTTCCCTGGATTGGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCATGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGccccCTCTGAGTCAGGAAACAttttCAGACCTATGGAAACTACTTCCTGaaaaCAACGTTCTGTccccCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCTGTccccGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATTCGCCAGAGGCTGCTccccCCGTGGccccTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGccccTGCACCAGccccCTCCTGGccccTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGaaaaCCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTccccTGCCCTCAACAAGATGttttGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACAccccCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTGAGGCGCTGccccCACCATGAGCGCT
  1. Escreva um novo script que imprima o complemento reverso da sequência de DNA acima. Dica para o reverso. Use a formatação de string para o print.
 Seqûencia Original  5'ATGCAGGGGAAACATGATTCAGGAC 3'  
 Complemento         3'TACGTCCCCTTTGTACTAAGTCCTG 5'  
 Complemento Reverso 5'GTCCTGAATCATGTTTCCCCTGCAT 3'
  1. Escreva um script para encontrar a posição inicial do nucleotídeo de um site EcoRI na sequência de DNA abaixo. Lembre-se de que as sequências de DNA começam com 1 e uma string em Python começa com 0. Execute primeiro com dados de teste.
GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTGCTTTCCACGACGGTGACACGCTTCCCTGGATTGGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCATGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGCCCCCTCTGAGTCAGGAAACATTTTCAGACCTATGGAAACTACTTCCTGAAAACAACGTTCTGTCCCCCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCTGTCCCCGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATTCGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTCCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTGAGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAGTGGAAGGAAATTTGCGTGTGGAGTATTTGGATGACAGAAACACTTTTCG:

Também encontre a posição final do nucleotídeo no site EcoRI. Use formatação de string para imprimir esses dois valores assim:

EcoRI startPos:yourStartPos endPos:yourEndPos
  1. ADD/COMMIT/PUSH