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Unix_02_problemset.md

File metadata and controls

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Conjunto de problemas Unix 2

  1. Se você ainda não o fez, siga Etapas 1-3 em Unix: GIT para iniciantes. Aqui está um sumário destas etapas, Por favor vá até a aula para ter o detalhamento: NOTA: Não crie um repositório dentro de outro repositório.

    • Crie uma conta GitHub e clique em "Novo" para criar um novo repositório.
    • Adicione informação sobre seu repositório. Assegure-se de selecionar a opção de criar um arquivo README de forma automática.
    • Agora na sua máquina, clone seu repositório.

  2. Mova quaisquer arquivos que você criou no conjunto de problemas Unix_01 para o seu repositório git de conjunto de problemas local.

  3. Adicione todos os novos arquivos do seu repositório local para o seu repositório remoto

    • git status para ver todos os arquivos que você precisa adicionar
    • git add <filename> ou git add <filename1> <filename2> <filename3> ...
    • git commit -m 'adding previous problem set files'
    • git push
    • Visite o site do seu repositório Github (em github.com) e veja os arquivos do seu repositório local que você acabou de empurrar para o seu repositório remoto.

  4. Se você está cansado de ficar digitando seu nome de usuário e senha github, crie e adicione um ssh key para sua conta github. Informação pode ser encontrada Aqui em github.com. Siga as instruções para esses dois passos no tutorial.

  5. Crie um diretório chamado arquivos no seu diretório de conjunto de problemas.

  6. Mova o arquivo que você renomeou de sequences.nt.fa para cancer_genes.fasta ao seu diretório arquivos

  7. ADD/COMMIT/PUSH cancer_genes.fasta para seu repositório remoto

  • git add files/cancer_genes.fasta
  • git commit -m 'adding cancer_genes.fasta'
  • git push
  • Visite o site seu repositório GitHub (em github.com) e veja o arquivo do seu repositório local que você acabou de transferir para o seu repositório remoto.
  1. Usando seu editor de texto vi crie um arquivo fasta e dê o nome mysequences.txt. Se assegure de que ele esteja em seu diretório de arquivos para o conjuntos de problemas.

Esse é o formato do arquivo fasta:

>seqName description
ATGGCGTCTTGGCCTTAAAAGCTC
GGCGTCTTGGCCTTAAAAGCTCAT
ATTCTTGGCCTTAAATTGGCCTTG
  • Adicione 10 linhas de sequência
  • Delete uma linha
  • Insira uma nova linha na linha 4
  • Copie a linha 5
  • Cole essa linha acima da linha 2
  • Configure para ver números de linha
  • Corte a linha 3 e cole abaixo da linha 6
  • Vá até a linha 4
  • Delete a linha
  • Desfaça seu último delete
  • Pesquise por CTT
  • Encontre a próxima ocorrência de CTT
  • Salve e saia

  1. ADD/COMMIT/PUSH mysequences.txt em seu remoto.

  2. Crie um diretório chamado fastas. (Dica: use mkdir)

  3. Copie o arquivo fasta que você renomeou para cancer_genes.fasta ao diretório fasta.

  4. Verifique que o arquivo está dentro do diretório fasta.

  5. Delete o arquivo original que você usou para copiar.

  6. Sincronize seu repositório remoto com o local. Se assegure de adicionar cada arquivo que você mudou ou usou git add <filename>. Não se esqueça do commit e push.

  7. Pratique com git rm

  • Crie um arquivo chamado oops e adicione alguns caracteres de conteúdo.
  • Salve e saia.
  • Add/Commit/Push esse arquivo
  • git rm oops
  • git commit -m 'removing oops'
  • git push
  1. Pratique com rm. Você pode identificar a pequena diferença do git rm
  • Crie um arquivo chamado oops2. adicione algum conteúdo. salve e saia
  • Add/Commit/Push esse arquivo
  • rm oops2
  • git add oops2
  • git commit -m 'removing oops2'
  • git push
  1. Imagine isso: Você criou um arquivo, git add, mas percebeu que você não quer cometê-lo (commit). O que você faz? da pesquisa do google
  • Crie um arquivo chamado never.
  • git add never
  • git reset never
  1. Leia a página para rm e cp para descobrir como remover e copiar um diretório.
  2. Imprima seu histórico e redirecione ele ao arquivo chamado unixBasics.history.txt
  3. Abra seu arquivo de histórico com seu editor de texto e delete quaisquer linhas que não queira manter. Veja isso pesquisa no google para informações sobre deletar linhas inteiras no vi.
  4. Se assegure de que todos os seus arquivos estão sincronizados com seu repositório remoto. (git status)