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"snps": [21621, 23063, 23525],
"cluster_data": [], # 20,501,655
"nextstrain_build": True,
"graphing": True,
"type": "variant",
"important": True,
"country_info": [],
"col": "#FFB3B3",
"display_name": "20J (Gamma, V3)",
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"nextstrain_name": "20J (Gamma, V3)",
"pango_lineages": [
{"name": "P.1", "url": None}
],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/20J.Gamma.V3", # color, no europe filter
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"nonsynonymous": [
{"gene": "S", "left": "L", "pos": 18, "right": "F"},
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{'gene': 'ORF8', 'left': 'E', 'pos': 92, 'right': 'K'}
],
"synonymous": [
{"left": "C", "pos": 241, "right": "T"},
{"left": "T", "pos": 733, "right": "C"},
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{"left": "G", "pos": 28878, "right": "C"},
],
},
},
# Delta variant -- part of 'Indian' in media - B.1.617.2
"Delta": {
"snps": [22995, 23604, 22917], # S:478, 681, 452
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": True,
"type": "variant",
"graphing": True,
"important": True,
"country_info": [],
"col": "#66C266",
"display_name": "21A (Delta)",
"alt_display_name": ["21A/S:478K"],
#"other_nextstrain_names": ["21A (Delta)","21J (Delta)","21I (Delta)"],
"build_name": "21A.Delta",
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"who_name": ["Delta"],
"nextstrain_name": "21A (Delta)",
"pango_lineages": [
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],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21A.Delta",
"mutations": {
"nonsynonymous": [
{"gene": "S", "left": "T", "pos": 19, "right": "R"},
{"gene": "S", "left": "E", "pos": 156, "right": "-"},
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],
"synonymous": [
{"left": "G", "pos": 210, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 241, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 3037, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 28271, "right": "-"},
{"left": "G", "pos": 29742, "right": "T"}
],
},
},
"21I.Delta": {
"snps": [5184, 11514, 22227], # 5184T, 11514T, 22227T : ORF1a:1640, ORF1a:3750, S:222
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": True,
"type": "variant",
"graphing": True,
"important": True,
"country_info": [],
"col": "#aaff80",
"display_name": "21I (Delta)",
"alt_display_name": [],
"build_name": "21I.Delta",
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"who_name": ["Delta"],
"nextstrain_name": "21I (Delta)",
"pango_lineages": [
{"name": "B.1.617.1", "url": "https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.617.1.html"}
],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21I.Delta",
"mutations": {
"nonsynonymous": [
{"gene": "S", "left": "T", "pos": 19, "right": "R"},
{"gene": "S", "left": "E", "pos": 156, "right": "-"},
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],
"synonymous": [
{"left": "G", "pos": 210, "right": "T"},
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{"left": "C", "pos": 3037, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 5584, "right": "G"},
{"left": "C", "pos": 13019, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 28271, "right": "-"},
{"left": "G", "pos": 29742, "right": "T"}
],
},
},
"21J.Delta": {
"snps": [4181,8986,11201], # 4181T,8986T,11201G - ORF1a: 1306, 2907, 3646
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": True,
"type": "variant",
"graphing": True,
"important": True,
"country_info": [],
"col": "#66A366",
"display_name": "21J (Delta)",
"alt_display_name": [],
"build_name": "21J.Delta",
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"who_name": ["Delta"],
"nextstrain_name": "21J (Delta)",
"pango_lineages": [
{"name": "B.1.617.1", "url": "https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.617.1.html"}
],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21J.Delta",
"mutations": {
"nonsynonymous": [
{"gene": "S", "left": "T", "pos": 19, "right": "R"},
{"gene": "S", "left": "E", "pos": 156, "right": "-"},
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{"gene": "ORF9b", "left": "T", "pos": 60, "right": "A"}
],
"synonymous": [
{"left": "G", "pos": 210, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 241, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 3037, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 8986, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 11332, "right": "G"},
{"left": "A", "pos": 28271, "right": "-"},
{"left": "G", "pos": 29742, "right": "T"}
],
},
},
"21K.Omicron": { #S.T572I - 23277T
"snps": [25000,25584,8393], #25000T,25584T,8393A
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": True,
"graphing": True,
"type": "variant",
"important": True,
"country_info": [],
"col": "#A366A3",
"display_name": "21K (Omicron)",
"build_name": "21K.Omicron",
"who_name": ["Omicron"],
"old_build_names": ["21K"],
"alt_display_name": ["BA.1"],
"nextstrain_name": "21K",
"pango_lineages": [
{"name": "BA.1", "url": "https://cov-lineages.org/lineages/lineage_BA.1.html"},
],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21K.Omicron",
"mutations": {
"nonsynonymous": [
{"gene": "S", "left": "A", "pos": 67, "right": "V"},
{"gene": "S", "left": "H", "pos": 69, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "V", "pos": 70, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "T", "pos": 95, "right": "I"},
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{"gene": "S", "left": "V", "pos": 143, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "Y", "pos": 144, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "Y", "pos": 145, "right": "D"},
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{"gene": "S", "left": "L", "pos": 212, "right": "I"},
{"gene": "S", "left": "G", "pos": 339, "right": "D"},
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{"gene": "S", "left": "S", "pos": 373, "right": "P"},
{"gene": "S", "left": "S", "pos": 375, "right": "F"},
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{"gene": "S", "left": "N", "pos": 440, "right": "K"},
{"gene": "S", "left": "G", "pos": 446, "right": "S"},
{"gene": "S", "left": "S", "pos": 477, "right": "N"},
{"gene": "S", "left": "T", "pos": 478, "right": "K"},
{"gene": "S", "left": "E", "pos": 484, "right": "A"},
{"gene": "S", "left": "Q", "pos": 493, "right": "R"},
{"gene": "S", "left": "G", "pos": 496, "right": "S"},
{"gene": "S", "left": "Q", "pos": 498, "right": "R"},
{"gene": "S", "left": "N", "pos": 501, "right": "Y"},
{"gene": "S", "left": "Y", "pos": 505, "right": "H"},
{"gene": "S", "left": "T", "pos": 547, "right": "K"},
{"gene": "S", "left": "D", "pos": 614, "right": "G"},
{"gene": "S", "left": "H", "pos": 655, "right": "Y"},
{"gene": "S", "left": "N", "pos": 679, "right": "K"},
{"gene": "S", "left": "P", "pos": 681, "right": "H"},
{"gene": "S", "left": "N", "pos": 764, "right": "K"},
{"gene": "S", "left": "D", "pos": 796, "right": "Y"},
{"gene": "S", "left": "N", "pos": 856, "right": "K"},
{"gene": "S", "left": "Q", "pos": 954, "right": "H"},
{"gene": "S", "left": "N", "pos": 969, "right": "K"},
{"gene": "S", "left": "L", "pos": 981, "right": "F"},
{"gene": "N", "left": "P", "pos": 13, "right": "L"},
{"gene": "N", "left": "E", "pos": 31, "right": "-"},
{"gene": "N", "left": "R", "pos": 32, "right": "-"},
{"gene": "N", "left": "S", "pos": 33, "right": "-"},
{"gene": "N", "left": "R", "pos": 203, "right": "K"},
{"gene": "N", "left": "G", "pos": 204, "right": "R"},
{"gene": "ORF1a", "left": "K", "pos": 856, "right": "R"},
{"gene": "ORF1a", "left": "S", "pos": 2083, "right": "-"},
{"gene": "ORF1a", "left": "L", "pos": 2084, "right": "I"},
{"gene": "ORF1a", "left": "A", "pos": 2710, "right": "T"},
{"gene": "ORF1a", "left": "T", "pos": 3255, "right": "I"},
{"gene": "ORF1a", "left": "P", "pos": 3395, "right": "H"},
{"gene": "ORF1a", "left": "L", "pos": 3674, "right": "-"},
{"gene": "ORF1a", "left": "S", "pos": 3675, "right": "-"},
{"gene": "ORF1a", "left": "G", "pos": 3676, "right": "-"},
{"gene": "ORF1a", "left": "I", "pos": 3758, "right": "V"},
{"gene": "ORF1b", "left": "P", "pos": 314, "right": "L"},
{"gene": "ORF1b", "left": "I", "pos": 1566, "right": "V"},
{"gene": "ORF9b", "left": "P", "pos": 10, "right": "S"},
{"gene": "ORF9b", "left": "E", "pos": 27, "right": "-"},
{"gene": "ORF9b", "left": "N", "pos": 28, "right": "-"},
{"gene": "ORF9b", "left": "A", "pos": 29, "right": "-"},
{"gene": "E", "left": "T", "pos": 9, "right": "I"},
{"gene": "M", "left": "D", "pos": 3, "right": "G"},
{"gene": "M", "left": "Q", "pos": 19, "right": "E"},
{"gene": "M", "left": "A", "pos": 63, "right": "T"},
],
"synonymous": [
{"left": "C", "pos": 241, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 3037, "right": "T"},
{"left": "T", "pos": 5386, "right": "G"},
{"left": "T", "pos": 13195, "right": "C"},
{"left": "C", "pos": 15240, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 25000, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 25584, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 27259, "right": "C"},
{"left": "C", "pos": 27807, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 28271, "right": "T"},
],
},
},
#21K.21L together
"21K.21L": {
"snps": [22679, 23040, 23604], # 22679C, 23040G, 23604A
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": True,
"graphing": False,
"important": False,
"other_nextstrain_names": ["21K (Omicron)", "21L"],
"country_info": [], 'col': "#b3d9ff",
"display_name": "21K.21L",
"type": "do_not_display",
"build_name": "21K.21L",
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21K.21L"
},
# Sister clade to 21K - TBD if Omicron
"21L": {
"snps": [21618,22775,23525], # S21618T, 22775A, 23525T
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": True,
"type": "do_not_display",
"graphing": False,
"important": False,
"country_info": [],
"col": "#cfafcf",
"display_name": "21L",
"alt_display_name": ["21L"],
#"other_nextstrain_names": ["21A (Delta)","21J (Delta)","21I (Delta)"],
"build_name": "21L",
"old_build_names": ["21L"],
"nextstrain_name": "21L",
"pango_lineages": [
{"name": "BA.2", "url": "https://cov-lineages.org/lineage.html?lineage=BA.2"}
],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21L",
"mutations": {}
},
# variant -- part of 'Indian' in media - B.1.617.1
"Kappa": {
"snps": [17523, 23604, 22917], #ORF1b:1352, S:681, 452
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": True,
"type": "variant",
"graphing": True,
"important": False,
"country_info": [],
"col": "#A3FFD1",
"display_name": "21B (Kappa)",
"alt_display_name": ["21A/S:154K"],
"build_name": "21B.Kappa",
"old_build_names": ["21A.S.154K"],
"who_name": ["Kappa"],
"nextstrain_name": "21B (Kappa)",
"pango_lineages": [
{"name": "B.1.617.1", "url": "https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.617.1.html"}
],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21B.Kappa",
"mutations": {
"nonsynonymous": [
{"gene": "S", "left": "E", "pos": 154, "right": "K"},
{"gene": "S", "left": "L", "pos": 452, "right": "R"},
{"gene": "S", "left": "E", "pos": 484, "right": "Q"},
{"gene": "S", "left": "D", "pos": 614, "right": "G"},
{"gene": "S", "left": "P", "pos": 681, "right": "R"},
{"gene": "S", "left": "Q", "pos": 1071, "right": "H"},
{"gene": "ORF1b", "left": "P", "pos": 314, "right": "L"},
{"gene": "ORF1b", "left": "G", "pos": 1129, "right": "C"},
{"gene": "ORF1b", "left": "M", "pos": 1352, "right": "I"},
{"gene": "ORF1b", "left": "K", "pos": 2310, "right": "R"},
{"gene": "ORF1b", "left": "S", "pos": 2312, "right": "A"},
{"gene": "N", "left": "R", "pos": 203, "right": "M"},
{"gene": "N", "left": "D", "pos": 377, "right": "Y"},
{"gene": "M", "left": "I", "pos": 82, "right": "S"},
{"gene": "ORF3a", "left": "S", "pos": 26, "right": "L"},
{"gene": "ORF1a", "left": "T", "pos": 1567, "right": "I"},
{"gene": "ORF1a", "left": "T", "pos": 3646, "right": "A"},
{"gene": "ORF7a", "left": "V", "pos": 82, "right": "A"}
],
"synonymous": [
{"left": "G", "pos": 210, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 241, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 3037, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 3457, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 26681, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 28271, "right": "-"},
{"left": "G", "pos": 29742, "right": "T"}
],
},
},
# "delta plus" - build only - Delta + 417
"Delta417": {
"snps": [22995, 23604, 22917, 22813], # S:478, 681, 452, 417
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": True,
"type": "do_not_display",
"graphing": False,
"important": False,
"country_info": [],
"col": "#006600",
"display_name": "Delta + S:K417",
"build_name": "21A.Delta.S.K417",
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21A.Delta.S.K417",
},
# 'not-called-nigerian variant' B.1.525
# 21D Eta
"Eta": {
"snps": [8593, 23012, 24224],
"cluster_data": [], # nuc 8593 S 484, 888
"nextstrain_build": True,
"graphing": True,
"type": "variant",
"important": False,
"country_info": [],
"col": "#6666A3",
"display_name": "21D (Eta)",
"alt_display_name": ["20A/S:484K"],
"build_name": "21D.Eta",
"old_build_names": ["20A.S.484K"],
"who_name": ["Eta"],
"nextstrain_name": "21D (Eta)",
"pango_lineages": [
{"name": "B.1.525", "url": None}
],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21D.Eta", # color, no europe filter
"mutations": {
"nonsynonymous": [
{'gene': 'S', 'left': 'Q', 'pos': 52, 'right': 'R'},
{"gene": "S", "left": "A", "pos": 67, "right": "V"},
{"gene": "S", "left": "H", "pos": 69, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "V", "pos": 70, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "Y", "pos": 144, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "E", "pos": 484, "right": "K"},
{'gene': 'S', 'left': 'D', 'pos': 614, 'right': 'G'},
{"gene": "S", "left": "Q", "pos": 677, "right": "H"},
{"gene": "S", "left": "F", "pos": 888, "right": "L"},
{'gene': 'ORF1b', 'left': 'P', 'pos': 314, 'right': 'F'},
{"gene": "N", "left": "S", "pos": 2, "right": "-"},
{"gene": "N", "left": "D", "pos": 3, "right": "Y"},
{"gene": "N", "left": "A", "pos": 12, "right": "G"},
{'gene': 'N', 'left': 'T', 'pos': 205, 'right': 'I'},
{'gene': 'M', 'left': 'I', 'pos': 82, 'right': 'T'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'T', 'pos': 2007, 'right': 'I'},
{"gene": "ORF1a", "left": "S", "pos": 3675, "right": "-"},
{"gene": "ORF1a", "left": "G", "pos": 3676, "right": "-"},
{"gene": "ORF1a", "left": "F", "pos": 3677, "right": "-"},
{'gene': 'E', 'left': 'L', 'pos': 21, 'right': 'F'},
{'gene': 'ORF6', 'left': 'F', 'pos': 2, 'right': '-'}
],
"synonymous": [
{"left": "C", "pos": 241, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 1498, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 1807, "right": "G"},
{"left": "G", "pos": 2659, "right": "A"},
{"left": "C", "pos": 3037, "right": "T"},
{"left": "T", "pos": 8593, "right": "C"},
{"left": "C", "pos": 9593, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 18171, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 20724, "right": "G"},
{"left": "C", "pos": 24748, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 28699, "right": "G"},
{"left": "G", "pos": 29543, "right": "T"},
],
},
},
# "new york variant"
# 21F Iota
"Iota": {
"snps": [21575, 9867, 1059],
"cluster_data": [], # S5, ORF1a 3201, 265 -- 484 is 23012 (1-based)
"nextstrain_build": True,
"graphing": True,
"type": "variant",
"important": False,
"country_info": [],
"col": "#FFC2FF",
"display_name": "21F (Iota)",
"alt_display_name": ["20C/S:484K"],
"build_name": "21F.Iota",
"old_build_names": ["20C.S.484K"],
"who_name": ["Iota"],
"nextstrain_name": "21F (Iota)",
"pango_lineages": [
{"name": "B.1.526", "url": None}
],
"alternative_names": ["B.1.526 (partial)"],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21F.Iota?c=gt-S_484", # color, no europe filter
"mutations": {
"nonsynonymous": [
{"gene": "S", "left": "L", "pos": 5, "right": "F"},
{"gene": "S", "left": "T", "pos": 95, "right": "I"},
{"gene": "S", "left": "D", "pos": 253, "right": "G"},
{"gene": "S", "left": "E", "pos": 484, "right": "K"},
{'gene': 'S', 'left': 'D', 'pos': 614, 'right': 'G'},
{"gene": "S", "left": "A", "pos": 701, "right": "V"},
{'gene': 'ORF1b', 'left': 'P', 'pos': 314, 'right': 'L'},
{"gene": "ORF1b", "left": "Q", "pos": 1011, "right": "H"},
{"gene": "ORF3a", "left": "P", "pos": 42, "right": "L"},
{'gene': 'ORF3a', 'left': 'Q', 'pos': 57, 'right': 'H'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'T', 'pos': 265, 'right': 'I'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'L', 'pos': 3201, 'right': 'P'},
{"gene": "ORF1a", "left": "S", "pos": 3675, "right": "-"},
{"gene": "ORF1a", "left": "G", "pos": 3676, "right": "-"},
{"gene": "ORF1a", "left": "F", "pos": 3677, "right": "-"},
{"gene": "N", "left": "P", "pos": 199, "right": "L"},
{"gene": "N", "left": "M", "pos": 234, "right": "I"},
{"gene": "ORF8", "left": "T", "pos": 11, "right": "I"},
],
"synonymous": [
{"left": "C", "pos": 241, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 3037, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 20262, "right": "G"},
{"left": "A", "pos": 28271, "right": "-"},
],
},
},
# C.37 - build only
"21GLambda": {
"snps": [7424, 23031, 24138], #ORF1a 2387 (7424G) #S 490 (23031C) 859 (24138A)
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": True,
"graphing": True,
"type": "variant",
"important": True,
"country_info": [],
"col": "#cc6699",
"display_name": "21G (Lambda)",
"build_name": "21G.Lambda",
"old_build_names": [],
"who_name": ["Lambda"],
"nextstrain_name": "21G (Lambda)",
"pango_lineages": [
{"name": "C.37", "url": None}
],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21G.Lambda",
"mutations": {
"nonsynonymous": [
{'gene': 'S', 'left': 'G', 'pos': 75, 'right': 'V'},
{"gene": "S", "left": "T", "pos": 76, "right": "I"},
{"gene": "S", "left": "R", "pos": 246, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "S", "pos": 247, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "Y", "pos": 248, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "L", "pos": 249, "right": "-"},
{'gene': 'S', 'left': 'T', 'pos': 250, 'right': '-'},
{"gene": "S", "left": "P", "pos": 251, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "G", "pos": 252, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "D", "pos": 253, "right": "N"},
{"gene": "S", "left": "L", "pos": 452, "right": "Q"},
{"gene": "S", "left": "F", "pos": 490, "right": "S"},
{"gene": "S", "left": "D", "pos": 614, "right": "G"},
{"gene": "S", "left": "T", "pos": 859, "right": "N"},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'T', 'pos': 1246, 'right': 'I'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'P', 'pos': 2287, 'right': 'S'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'F', 'pos': 2387, 'right': 'V'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'L', 'pos': 3201, 'right': 'P'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'T', 'pos': 3255, 'right': 'I'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'G', 'pos': 3278, 'right': 'S'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'S', 'pos': 3675, 'right': '-'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'G', 'pos': 3676, 'right': '-'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'F', 'pos': 3677, 'right': '-'},
{'gene': 'ORF1b', 'left': 'P', 'pos': 314, 'right': 'L'},
{"gene": "N", "left": "P", "pos": 13, "right": "L"},
{"gene": "N", "left": "R", "pos": 203, "right": "K"},
{"gene": "N", "left": "G", "pos": 204, "right": "R"},
{'gene': 'N', 'left': 'G', 'pos': 214, 'right': 'C'},
],
"synonymous": [
{"left": "C", "pos": 241, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 3037, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 9857, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 13536, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 23731, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 28253, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 28271, "right": "T"},
],
},
},
# B.1.621 - Mu
"21H": {
"snps": [22599, 4878, 17491], #S 346 (22599A) ORF1a: 1538 (4878T) nuc: 17491T
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": True,
"graphing": True,
"type": "variant",
"important": True,
"country_info": [],
"col": "#f4dc81",
"display_name": "21H (Mu)",
"build_name": "21H.Mu",
"old_build_names": ["21H"],
"who_name": ["Mu"],
"nextstrain_name": "21H (Mu)",
"pango_lineages": [
{"name": "B.1.621", "url": None}
],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21H.Mu",
"mutations": {
"nonsynonymous": [
{'gene': 'S', 'left': 'T', 'pos': 95, 'right': 'I'},
{"gene": "S", "left": "Y", "pos": 144, "right": "S"},
{"gene": "S", "left": "Y", "pos": 145, "right": "N"},
{"gene": "S", "left": "R", "pos": 346, "right": "K"},
{"gene": "S", "left": "E", "pos": 484, "right": "K"},
{"gene": "S", "left": "N", "pos": 501, "right": "Y"},
{'gene': 'S', 'left': 'D', 'pos': 614, 'right': 'G'},
{"gene": "S", "left": "P", "pos": 681, "right": "H"},
{"gene": "S", "left": "D", "pos": 950, "right": "N"},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'T', 'pos': 1055, 'right': 'A'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'T', 'pos': 1538, 'right': 'I'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'T', 'pos': 3255, 'right': 'I'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'Q', 'pos': 3729, 'right': 'R'},
{'gene': 'ORF1b', 'left': 'P', 'pos': 314, 'right': 'L'},
{'gene': 'ORF1b', 'left': 'P', 'pos': 1342, 'right': 'S'},
{"gene": "N", "left": "T", "pos": 205, "right": "I"},
{'gene': 'ORF3a', 'left': 'Q', 'pos': 57, 'right': 'H'},
{'gene': 'ORF3a', 'left': 'V', 'pos': 256, 'right': 'I'},
{'gene': 'ORF3a', 'left': 'N', 'pos': 257, 'right': 'Q'},
{'gene': 'ORF3a', 'left': 'P', 'pos': 258, 'right': '*'},
{'gene': 'ORF8', 'left': 'T', 'pos': 11, 'right': 'K'},
{'gene': 'ORF8', 'left': 'P', 'pos': 38, 'right': 'S'},
{'gene': 'ORF8', 'left': 'S', 'pos': 67, 'right': 'F'},
],
"synonymous": [
{"left": "C", "pos": 241, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 3037, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 6037, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 13057, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 18877, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 20148, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 26492, "right": "T"},
{"left": "A", "pos": 28272, "right": "T"},
],
},
},
# B.1.1.519 - builds turned of 11 Oct, graphing continues
"20BS732": {
"snps": [10029, 23756, 21306], #ORF1a 3255 (10029T) S: 732 (23756G) nuc 21306T
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": False,
"graphing": True,
"type": "variant",
"important": False,
"country_info": [],
"col": "#a3e3f8",
"display_name": "20B/S:732A",
"build_name": "20B.S.732A",
"old_build_names": [],
"who_name": [],
"nextstrain_name": "",
"pango_lineages": [
{"name": "B.1.1.519", "url": None}
],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/20B.S.732A",
"mutations": {
"nonsynonymous": [
{"gene": "S", "left": "T", "pos": 478, "right": "K"},
{'gene': 'S', 'left': 'D', 'pos': 614, 'right': 'G'},
{"gene": "S", "left": "P", "pos": 681, "right": "H"},
{"gene": "S", "left": "T", "pos": 732, "right": "A"},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'P', 'pos': 959, 'right': 'S'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'T', 'pos': 3255, 'right': 'I'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'I', 'pos': 3618, 'right': 'V'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'T', 'pos': 4175, 'right': 'I'},
{'gene': 'ORF1b', 'left': 'P', 'pos': 314, 'right': 'L'},
{"gene": "N", "left": "R", "pos": 203, "right": "K"},
{"gene": "N", "left": "G", "pos": 204, "right": "R"},
],
"synonymous": [
{"left": "C", "pos": 203, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 222, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 241, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 3037, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 10954, "right": "T"},
{"left": "T", "pos": 19839, "right": "C"},
{"left": "C", "pos": 21306, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 29197, "right": "T"},
],
},
},
#B.1.620 20A/S:126A - builds turned off 11 Oct, graphing continues
"20AS126": {
"snps": [21939, 1473, 6236], #S: 126 (21939C) #ORF1a: 403 (1473T), 1991 (6236A)
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": False,
"graphing": True,
"type": "variant",
"important": False,
"country_info": [],
"col": "#d5f6d5",
"display_name": "20A/S:126A",
"build_name": "20A.S.126A",
"old_build_names": [],
"who_name": [],
"pango_lineages": [
{"name": "B.1.620", "url": None}
],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/20A.S.126A",
"mutations": {
"nonsynonymous": [
{'gene': 'S', 'left': 'P', 'pos': 26, 'right': 'S'},
{"gene": "S", "left": "H", "pos": 69, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "V", "pos": 70, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "V", "pos": 126, "right": "A"},
{"gene": "S", "left": "Y", "pos": 144, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "L", "pos": 241, "right": "-"},
{'gene': 'S', 'left': 'L', 'pos': 242, 'right': '-'},
{"gene": "S", "left": "A", "pos": 243, "right": "-"},
{"gene": "S", "left": "H", "pos": 245, "right": "Y"},
{"gene": "S", "left": "S", "pos": 477, "right": "N"},
{"gene": "S", "left": "E", "pos": 484, "right": "K"},
{"gene": "S", "left": "D", "pos": 614, "right": "G"},
{"gene": "S", "left": "P", "pos": 681, "right": "H"},
{"gene": "S", "left": "T", "pos": 1027, "right": "I"},
{"gene": "S", "left": "D", "pos": 1118, "right": "H"},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'T', 'pos': 403, 'right': 'I'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'V', 'pos': 1991, 'right': 'I'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'S', 'pos': 3675, 'right': '-'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'G', 'pos': 3676, 'right': '-'},
{'gene': 'ORF1a', 'left': 'F', 'pos': 3677, 'right': '-'},
{'gene': 'ORF1b', 'left': 'P', 'pos': 314, 'right': 'L'},
{'gene': 'ORF1b', 'left': 'A', 'pos': 1215, 'right': 'S'},
{"gene": "N", "left": "A", "pos": 220, "right": "V"},
{'gene': 'ORF9b', 'left': 'I', 'pos': 5, 'right': 'T'},
],
"synonymous": [
{"left": "C", "pos": 241, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 3037, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 15324, "right": "T"},
{"left": "T", "pos": 20049, "right": "C"},
{"left": "A", "pos": 23416, "right": "T"},
{"left": "T", "pos": 27795, "right": "-"},
{"left": "T", "pos": 27796, "right": "-"},
{"left": "A", "pos": 27797, "right": "-"},
{"left": "A", "pos": 28271, "right": "T"},
],
},
},
"EU1": {
"snps": [22227, 28932, 29645],
"cluster_data": [],
"nextstrain_build": False,
"graphing": True,
"type": "variant",
"important": False,
"country_info": [],
"col": "#FFBB8B",
"display_name": "20E (EU1)",
"alt_display_name": ["20A.EU1"],
"build_name": "20A.EU1",
"nextstrain_name": "20E (EU1)",
"pango_lineages": [
{"name": "B.1.177", "url": None},
],
"alternative_names": ["20A.EU1"],
"nextstrain_url": "https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/20A.EU1?f_region=Europe",
"mutations": {
"nonsynonymous": [
{"gene": "S", "left": "A", "pos": 222, "right": "V"},
{"gene": "ORF10", "left": "V", "pos": 30, "right": "L"},
{"gene": "N", "left": "A", "pos": 220, "right": "V"},
],
"synonymous": [
{"left": "T", "pos": 445, "right": "C"},
{"left": "C", "pos": 6286, "right": "T"},
{"left": "C", "pos": 26801, "right": "G"},
],
},
},
# 'CA variant'
"Epsilon": {
"snps": [21600, 22018, 22917],
"cluster_data": [], #'CA' variant
"nextstrain_build": False,
"graphing": True,
"type": "variant",
"important": False,
"country_info": [],
"col": "#e2cfe2",
"display_name": "21C (Epsilon)",
"alt_display_name": ["20C/S:452R"],
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