forked from rgcgithub/regenie
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathexample.psam
501 lines (501 loc) · 9.67 KB
/
example.psam
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
#FID IID SEX PHENO1
1 1 NA -0.426776
2 2 NA 0.553949
3 3 NA -0.650162
4 4 NA 0.665824
5 5 NA 2.15353
6 6 NA 1.60361
7 7 NA 0.924509
8 8 NA 0.166955
9 9 NA -0.446781
10 10 NA 0.913018
11 11 NA -0.123653
12 12 NA 0.451207
13 13 NA -1.81342
14 14 NA 0.10916
15 15 NA 1.26067
16 16 NA 0.553231
17 17 NA 0.209452
18 18 NA -0.513218
19 19 NA 0.611907
20 20 NA 1.53946
21 21 NA -0.386504
22 22 NA -2.51434
23 23 NA 0.405703
24 24 NA 0.51856
25 25 NA 1.06115
26 26 NA 0.195941
27 27 NA -0.249796
28 28 NA -0.267648
29 29 NA 0.717794
30 30 NA 1.18612
31 31 NA 0.0862962
32 32 NA -0.353043
33 33 NA 0.23543
34 34 NA 1.53045
35 35 NA 0.457955
36 36 NA 0.41183
37 37 NA 1.01735
38 38 NA -1.38481
39 39 NA 1.75103
40 40 NA 0.274954
41 41 NA -1.9897
42 42 NA -0.274423
43 43 NA 1.42641
44 44 NA 1.67944
45 45 NA -1.97622
46 46 NA 1.31329
47 47 NA -1.23795
48 48 NA -1.22309
49 49 NA -0.208682
50 50 NA 0.0465913
51 51 NA 0.645466
52 52 NA -0.336671
53 53 NA -1.42514
54 54 NA -1.74041
55 55 NA -0.989992
56 56 NA -0.681306
57 57 NA 1.45234
58 58 NA -0.143956
59 59 NA -0.437836
60 60 NA -0.151927
61 61 NA -1.09187
62 62 NA 0.118866
63 63 NA -0.744682
64 64 NA -0.351599
65 65 NA -0.250524
66 66 NA -1.14453
67 67 NA 0.402101
68 68 NA -0.269673
69 69 NA -1.07104
70 70 NA 0.54661
71 71 NA 0.905989
72 72 NA -0.930246
73 73 NA -0.164935
74 74 NA -0.259298
75 75 NA -2.11448
76 76 NA -0.607634
77 77 NA 0.774801
78 78 NA -2.09622
79 79 NA -1.91166
80 80 NA 1.03534
81 81 NA 0.72945
82 82 NA -0.0979342
83 83 NA 0.245666
84 84 NA 0.938673
85 85 NA 1.73376
86 86 NA 3.59655
87 87 NA 0.10418
88 88 NA 0.818146
89 89 NA -0.471747
90 90 NA 1.32639
91 91 NA -0.616465
92 92 NA -1.19637
93 93 NA -2.52343
94 94 NA -1.6776
95 95 NA -1.32518
96 96 NA 0.588294
97 97 NA 1.23774
98 98 NA -0.292771
99 99 NA 2.21307
100 100 NA 1.39079
101 101 NA 0.348965
102 102 NA -0.179652
103 103 NA -1.71495
104 104 NA -0.360643
105 105 NA 0.255807
106 106 NA 0.78485
107 107 NA 2.50518
108 108 NA -1.81684
109 109 NA -0.0156569
110 110 NA 0.704029
111 111 NA -0.0113866
112 112 NA -0.640498
113 113 NA 2.07844
114 114 NA -0.225493
115 115 NA 0.00218799
116 116 NA 0.453076
117 117 NA 0.711156
118 118 NA -7.92646e-05
119 119 NA 1.27164
120 120 NA 0.130916
121 121 NA 0.960164
122 122 NA -0.694627
123 123 NA 1.20835
124 124 NA -0.555829
125 125 NA 0.408699
126 126 NA 0.863283
127 127 NA 0.864202
128 128 NA -0.451513
129 129 NA -0.191405
130 130 NA -0.0376491
131 131 NA 1.06995
132 132 NA 0.733263
133 133 NA -1.38596
134 134 NA -0.168826
135 135 NA 1.23416
136 136 NA -0.130181
137 137 NA -0.849622
138 138 NA 1.65559
139 139 NA -0.855749
140 140 NA -0.591996
141 141 NA 1.47661
142 142 NA -1.76068
143 143 NA 0.333135
144 144 NA -1.3168
145 145 NA 2.26584
146 146 NA -0.585547
147 147 NA 1.00424
148 148 NA 0.595063
149 149 NA -2.35898
150 150 NA 1.02006
151 151 NA -1.25786
152 152 NA -0.0970053
153 153 NA 0.336385
154 154 NA 1.79728
155 155 NA 0.270135
156 156 NA -0.380863
157 157 NA 0.0401893
158 158 NA -0.396513
159 159 NA 1.49365
160 160 NA -1.29933
161 161 NA 0.251928
162 162 NA 0.691775
163 163 NA 0.740751
164 164 NA -0.310567
165 165 NA -0.55526
166 166 NA -1.00578
167 167 NA 0.0545069
168 168 NA -0.634928
169 169 NA -0.669547
170 170 NA -0.232261
171 171 NA 0.703583
172 172 NA -0.313278
173 173 NA -0.249173
174 174 NA -0.659208
175 175 NA -0.947788
176 176 NA 0.480091
177 177 NA 0.47061
178 178 NA -0.0650563
179 179 NA -1.49593
180 180 NA 0.540549
181 181 NA 1.12327
182 182 NA 0.00744181
183 183 NA 0.663999
184 184 NA -0.567857
185 185 NA 0.229938
186 186 NA -0.170762
187 187 NA 0.34209
188 188 NA -0.109504
189 189 NA -0.068089
190 190 NA -2.31449
191 191 NA -1.07777
192 192 NA -0.339403
193 193 NA -1.5321
194 194 NA 1.27784
195 195 NA -0.618697
196 196 NA 0.244838
197 197 NA -0.0897247
198 198 NA 0.285638
199 199 NA 0.0266523
200 200 NA -0.855846
201 201 NA 0.103268
202 202 NA -0.46838
203 203 NA -0.0396295
204 204 NA 0.501029
205 205 NA -1.61463
206 206 NA -0.822108
207 207 NA -0.415433
208 208 NA 0.192556
209 209 NA -0.0136163
210 210 NA -0.475529
211 211 NA 0.10233
212 212 NA 0.748894
213 213 NA 0.441979
214 214 NA 1.01881
215 215 NA 1.18723
216 216 NA 0.802298
217 217 NA -0.477409
218 218 NA -0.141978
219 219 NA -0.174778
220 220 NA 1.03133
221 221 NA 0.094144
222 222 NA 0.0786411
223 223 NA -0.561197
224 224 NA -0.617684
225 225 NA -0.624781
226 226 NA 0.72625
227 227 NA 0.673668
228 228 NA 1.20746
229 229 NA -0.700091
230 230 NA 1.01325
231 231 NA 0.108613
232 232 NA 1.53784
233 233 NA -0.388645
234 234 NA 0.58539
235 235 NA 0.636149
236 236 NA -2.37272
237 237 NA -0.154652
238 238 NA -0.453532
239 239 NA 0.200597
240 240 NA 1.67001
241 241 NA 1.03037
242 242 NA -0.208077
243 243 NA 0.164049
244 244 NA -0.288133
245 245 NA 0.52305
246 246 NA 0.307298
247 247 NA 0.116519
248 248 NA -0.00206642
249 249 NA 0.655496
250 250 NA -1.25415
251 251 NA 0.00726571
252 252 NA 2.6072
253 253 NA 0.787332
254 254 NA -0.573939
255 255 NA 0.430139
256 256 NA 0.498003
257 257 NA -0.472708
258 258 NA -2.11577
259 259 NA -0.302791
260 260 NA 0.135721
261 261 NA 0.746283
262 262 NA 1.05104
263 263 NA -0.914336
264 264 NA -1.98078
265 265 NA 0.559037
266 266 NA -1.42152
267 267 NA 0.936689
268 268 NA 0.380767
269 269 NA 0.945328
270 270 NA 0.0570358
271 271 NA 1.47451
272 272 NA -0.517474
273 273 NA -1.55714
274 274 NA -1.0888
275 275 NA 1.23102
276 276 NA -0.47694
277 277 NA -0.224195
278 278 NA -0.537571
279 279 NA 0.019698
280 280 NA 1.18258
281 281 NA -0.781154
282 282 NA -0.460112
283 283 NA 0.703325
284 284 NA -0.840924
285 285 NA 0.557335
286 286 NA -1.62788
287 287 NA 1.65839
288 288 NA -1.21203
289 289 NA -0.972147
290 290 NA -0.596574
291 291 NA -1.23514
292 292 NA 1.6419
293 293 NA -0.421417
294 294 NA 0.387531
295 295 NA -1.07038
296 296 NA -0.51778
297 297 NA 1.15659
298 298 NA -0.667902
299 299 NA -0.970543
300 300 NA -0.865546
301 301 NA -1.07894
302 302 NA -1.24408
303 303 NA -1.04468
304 304 NA -0.56958
305 305 NA -0.847351
306 306 NA -1.1901
307 307 NA 1.02238
308 308 NA -1.97905
309 309 NA -1.52535
310 310 NA 1.0894
311 311 NA 0.696256
312 312 NA 0.987405
313 313 NA 0.112456
314 314 NA -0.050028
315 315 NA -0.871743
316 316 NA 0.814679
317 317 NA -0.552664
318 318 NA 1.25739
319 319 NA -1.26483
320 320 NA 1.65303
321 321 NA 1.3011
322 322 NA -0.0201895
323 323 NA -1.88367
324 324 NA 1.42058
325 325 NA -0.689172
326 326 NA -0.304488
327 327 NA -0.0852042
328 328 NA 2.85163
329 329 NA -1.15681
330 330 NA 0.28258
331 331 NA -1.95007
332 332 NA -1.17526
333 333 NA -1.33243
334 334 NA 0.70641
335 335 NA -0.438966
336 336 NA -0.471986
337 337 NA -0.196006
338 338 NA -0.392692
339 339 NA -1.25863
340 340 NA -0.285722
341 341 NA -0.821333
342 342 NA 1.04067
343 343 NA -0.386694
344 344 NA -1.7091
345 345 NA 0.567446
346 346 NA 0.0171499
347 347 NA 0.0977746
348 348 NA 0.822231
349 349 NA 0.396381
350 350 NA -1.49853
351 351 NA -0.02996
352 352 NA -0.652866
353 353 NA -0.121709
354 354 NA 1.03003
355 355 NA -0.166901
356 356 NA 0.837773
357 357 NA -0.388723
358 358 NA 0.144514
359 359 NA 1.60732
360 360 NA 0.0795044
361 361 NA 2.14972
362 362 NA -0.304271
363 363 NA -0.302592
364 364 NA -0.439785
365 365 NA 0.450396
366 366 NA -0.847571
367 367 NA 0.494386
368 368 NA 1.78773
369 369 NA 1.49287
370 370 NA 1.00282
371 371 NA -1.57948
372 372 NA -1.41121
373 373 NA -0.328791
374 374 NA 0.633526
375 375 NA 1.58844
376 376 NA 0.23944
377 377 NA 0.373054
378 378 NA -0.231256
379 379 NA 0.0411482
380 380 NA 1.31482
381 381 NA 0.415339
382 382 NA -2.11904
383 383 NA -0.73574
384 384 NA -0.545852
385 385 NA -1.26001
386 386 NA 0.542966
387 387 NA -0.248866
388 388 NA 1.39359
389 389 NA 0.765535
390 390 NA 1.57434
391 391 NA 0.283378
392 392 NA -0.282155
393 393 NA 0.326779
394 394 NA -0.893343
395 395 NA -0.306112
396 396 NA -1.63278
397 397 NA 0.983996
398 398 NA -2.10943
399 399 NA -0.0300423
400 400 NA 0.267752
401 401 NA 0.0244411
402 402 NA -0.551821
403 403 NA -0.0125597
404 404 NA 0.78199
405 405 NA 0.13319
406 406 NA 0.484897
407 407 NA 0.664244
408 408 NA -0.803087
409 409 NA -0.189584
410 410 NA -0.803493
411 411 NA 0.0918757
412 412 NA 0.0292488
413 413 NA -0.0153363
414 414 NA 1.12808
415 415 NA -0.206516
416 416 NA -0.0512615
417 417 NA -1.34343
418 418 NA -0.185184
419 419 NA -0.248441
420 420 NA -0.069676
421 421 NA 0.376647
422 422 NA -0.256961
423 423 NA 0.723303
424 424 NA 1.11035
425 425 NA -0.119456
426 426 NA -0.639605
427 427 NA 0.564345
428 428 NA -0.344095
429 429 NA -2.22653
430 430 NA -0.956033
431 431 NA -0.819189
432 432 NA -2.44945
433 433 NA -0.0670052
434 434 NA -1.02125
435 435 NA 1.56421
436 436 NA -0.768685
437 437 NA 0.901317
438 438 NA 0.326158
439 439 NA -0.139662
440 440 NA 0.717582
441 441 NA -1.29883
442 442 NA -0.638025
443 443 NA 1.3778
444 444 NA 1.65038
445 445 NA 0.586743
446 446 NA -0.00589607
447 447 NA 0.13319
448 448 NA -1.26964
449 449 NA -0.125181
450 450 NA -1.24454
451 451 NA -0.0661009
452 452 NA 2.57404
453 453 NA 0.928964
454 454 NA 0.51064
455 455 NA -1.32195
456 456 NA 1.30567
457 457 NA -0.742979
458 458 NA -0.593598
459 459 NA -1.24448
460 460 NA -0.110278
461 461 NA 0.159683
462 462 NA 0.100157
463 463 NA -1.6713
464 464 NA 1.12242
465 465 NA -0.88487
466 466 NA -0.433884
467 467 NA 0.233091
468 468 NA -0.0685021
469 469 NA -0.430799
470 470 NA 0.680125
471 471 NA 0.706294
472 472 NA -1.01252
473 473 NA 1.14022
474 474 NA -0.0951276
475 475 NA 1.20431
476 476 NA -1.31014
477 477 NA -1.01024
478 478 NA 0.86817
479 479 NA -1.13996
480 480 NA 0.220533
481 481 NA -0.585963
482 482 NA 0.936588
483 483 NA -1.58959
484 484 NA 0.114516
485 485 NA 0.275659
486 486 NA 1.82381
487 487 NA 0.919563
488 488 NA 1.19923
489 489 NA -0.287172
490 490 NA -0.125564
491 491 NA 0.76606
492 492 NA 0.0485017
493 493 NA 0.91911
494 494 NA -0.0784911
495 495 NA -1.60227
496 496 NA -2.01618
497 497 NA 1.34361
498 498 NA -1.81712
499 499 NA -0.463177
500 500 NA -0.94339