From 4cc1305061a5f285fb5f8a972a434fbcc417bab7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: ens-carlos Date: Wed, 1 Sep 2021 14:25:17 +0100 Subject: [PATCH 1/4] Added all seleno biotypes where there was seleno_self already in LayerAnnotationStatic. --- .../Hive/Config/LayerAnnotationStatic.pm | 560 ++++++++++++++++++ 1 file changed, 560 insertions(+) diff --git a/modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/LayerAnnotationStatic.pm b/modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/LayerAnnotationStatic.pm index 297d8c730..4708860e6 100644 --- a/modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/LayerAnnotationStatic.pm +++ b/modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/LayerAnnotationStatic.pm @@ -97,6 +97,46 @@ sub _master_config { 'TR_V_gene', 'TR_D_gene', 'seleno_self', + 'fish_pe12_seleno_1', + 'human_pe12_seleno_1', + 'mammals_pe12_seleno_1', + 'seleno_other_1', + 'vert_pe12_seleno_1', + 'mouse_pe12_seleno_1', + 'self_pe12_seleno_1', + 'reptiles_pe12_seleno_1', + 'aves_pe12_seleno_1', + 'amphibians_seleno_1', + 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00:00:00 2001 From: ens-carlos Date: Wed, 1 Sep 2021 14:45:10 +0100 Subject: [PATCH 3/4] Fixed some indentation for aves. --- .../Analysis/Hive/Config/GenebuilderStatic.pm | 12 ++++++------ 1 file changed, 6 insertions(+), 6 deletions(-) diff --git a/modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/GenebuilderStatic.pm b/modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/GenebuilderStatic.pm index 0807b69d3..8b435a13d 100644 --- a/modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/GenebuilderStatic.pm +++ b/modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/GenebuilderStatic.pm @@ -121,7 +121,7 @@ sub _master_config { 'mouse_pe12_seleno_3', 'self_pe12_seleno_3', 'reptiles_pe12_seleno_3', - 'aves_pe12_seleno_3', + 'aves_pe12_seleno_3', 'amphibians_seleno_3', 'fish_pe12_seleno_4', 'human_pe12_seleno_4', @@ -213,7 +213,7 @@ sub _master_config { 'mouse_pe12_seleno_3', 'self_pe12_seleno_3', 'reptiles_pe12_seleno_3', - 'aves_pe12_seleno_3', + 'aves_pe12_seleno_3', 'amphibians_seleno_3', 'fish_pe12_seleno_4', 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2001 From: ens-carlos Date: Wed, 1 Sep 2021 14:48:48 +0100 Subject: [PATCH 4/4] Fixed some more indentation for fish and aves. --- .../Hive/Config/LayerAnnotationStatic.pm | 56 +++++++++---------- 1 file changed, 28 insertions(+), 28 deletions(-) diff --git a/modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/LayerAnnotationStatic.pm b/modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/LayerAnnotationStatic.pm index 4708860e6..1969b6865 100644 --- a/modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/LayerAnnotationStatic.pm +++ b/modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/LayerAnnotationStatic.pm @@ -97,7 +97,7 @@ sub _master_config { 'TR_V_gene', 'TR_D_gene', 'seleno_self', - 'fish_pe12_seleno_1', + 'fish_pe12_seleno_1', 'human_pe12_seleno_1', 'mammals_pe12_seleno_1', 'seleno_other_1', @@ -125,7 +125,7 @@ sub _master_config { 'mouse_pe12_seleno_3', 'self_pe12_seleno_3', 'reptiles_pe12_seleno_3', - 'aves_pe12_seleno_3', + 'aves_pe12_seleno_3', 'amphibians_seleno_3', 'fish_pe12_seleno_4', 'human_pe12_seleno_4', @@ 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