diff --git a/test/OMNI.vcf b/test/OMNI.vcf
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index 0000000..c558918
--- /dev/null
+++ b/test/OMNI.vcf
@@ -0,0 +1,45 @@
+##fileformat=VCFv4.2
+##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
+##pbwtVersion=3.0+htslib-1.1-3-g5b98adc
+##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes">
+##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
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+20	15223632	.	C	T	.	PASS	AC=4;AN=20	GT	0|0	0|1	0|1	0|0	0|0	0|1	0|0	0|0	0|1	0|0
+20	15223662	.	C	A	.	PASS	AC=4;AN=20	GT	0|0	0|1	0|1	0|0	0|0	0|1	0|0	0|0	0|1	0|0
+20	15223745	.	C	G	.	PASS	AC=4;AN=20	GT	0|0	0|1	0|1	0|0	0|0	0|1	0|0	0|0	0|1	0|0
+20	15228295	.	G	A	.	PASS	AC=1;AN=20	GT	0|0	0|0	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
+20	15229815	.	C	T	.	PASS	AC=3;AN=20	GT	0|1	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|1	0|0
+20	15229947	.	G	T	.	PASS	AC=3;AN=20	GT	0|1	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|1	0|0
+20	15230951	.	C	T	.	PASS	AC=1;AN=20	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0
+20	15234769	.	C	T	.	PASS	AC=1;AN=20	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|1
+20	15246472	.	A	C	.	PASS	AC=11;AN=20	GT	0|1	0|1	1|1	0|1	0|1	0|0	0|1	1|1	0|1	0|1
+20	15246984	.	G	A	.	PASS	AC=9;AN=20	GT	0|1	0|1	0|0	0|1	0|1	1|1	0|1	0|0	0|1	0|1
+20	15250014	.	A	T	.	PASS	AC=20;AN=20	GT	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1
+20	15273460	.	G	T	.	PASS	AC=6;AN=20	GT	0|1	0|0	0|1	0|1	0|1	0|0	0|1	0|1	0|0	0|0
+20	15282448	.	G	A	.	PASS	AC=8;AN=20	GT	0|1	0|1	0|1	0|1	0|1	0|0	0|1	1|1	0|0	0|0
+20	15289701	.	G	A	.	PASS	AC=0;AN=20	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
+20	15291552	.	A	G	.	PASS	AC=5;AN=20	GT	0|0	0|1	0|0	0|0	0|1	0|1	0|0	0|0	0|1	0|1
+20	15299479	.	A	T	.	PASS	AC=6;AN=20	GT	0|1	0|0	0|1	0|1	0|1	0|0	0|1	0|1	0|0	0|0
+20	15311431	.	T	C	.	PASS	AC=12;AN=20	GT	0|1	0|1	1|1	0|1	0|1	0|0	1|1	1|1	0|1	0|1
+20	15315525	.	C	T	.	PASS	AC=4;AN=20	GT	0|0	0|1	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|1	0|0	0|1
+20	15315658	.	T	A	.	PASS	AC=7;AN=20	GT	0|1	0|0	0|1	0|1	0|1	0|0	1|1	0|1	0|0	0|0
+20	15317128	.	T	C	.	PASS	AC=7;AN=20	GT	0|1	0|0	0|1	0|1	0|1	0|0	1|1	0|1	0|0	0|0
+20	15317218	.	T	A	.	PASS	AC=7;AN=20	GT	0|1	0|0	0|1	0|1	0|1	0|0	1|1	0|1	0|0	0|0
+20	15323282	.	A	G	.	PASS	AC=11;AN=20	GT	0|1	0|1	1|1	0|1	0|1	0|0	1|1	1|1	0|0	0|1
+20	15332749	.	C	A	.	PASS	AC=1;AN=20	GT	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
diff --git a/test/test.pl b/test/test.pl
index 923b26d..d4d11af 100755
--- a/test/test.pl
+++ b/test/test.pl
@@ -14,6 +14,7 @@
 test_pbwt($opts, in=>'merge.2', out=>'merge.2.out');
 test_write_vcf($opts, in=>'merge.1', out=>'merge.1.vcf');
 test_read_vcf_gt($opts, in=>'read.vcf', out=>'write.vcf');
+test_pbwt_reference_impute($opts, in=>'refImpute.in', ref=>'OMNI', out=>'refImpute.out.vcf');
 test_merge($opts,in=>['merge.1','merge.2'],out=>'merge.12.out');
 test_merge_sites($opts,in=>['merge.1','merge.2'],out=>'merge.12.sites');
 
@@ -32,7 +33,7 @@ sub error
     my (@msg) = @_;
     if ( scalar @msg ) { confess @msg; }
     print 
-        "About: htslib consistency test script\n",
+        "About: pbwt consistency test script\n",
         "Usage: test.pl [OPTIONS]\n",
         "Options:\n",
         "   -r, --redo-outputs              Recreate expected output files.\n",
@@ -194,6 +195,14 @@ sub test_read_vcf_gt
     test_cmd($opts,%args,cmd=>"$$opts{bin}/pbwt -readVcfGT $$opts{path}/read.vcf -writeVcf - 2>/dev/null | grep -v ^##pbwtVersion >$$opts{tmp}/$args{out}");
 }
 
+sub test_pbwt_reference_impute
+{
+    my ($opts,%args) = @_;
+    # create reference panel pbwt
+    cmd("$$opts{bin}/pbwt -readVcfGT $$opts{path}/$args{ref}.vcf -writeAll $$opts{tmp}/$args{ref} 2>/dev/null");
+    test_cmd($opts,%args,cmd=>"$$opts{bin}/pbwt -readVcfGT $$opts{path}/$args{in}.vcf -referenceImpute $$opts{tmp}/$args{ref} -writeVcf - 2>/dev/null | grep -v ^##pbwtVersion > $$opts{tmp}/$args{out}");
+}
+
 sub test_merge
 {
     my ($opts,%args) = @_;