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BioFormatConverter

requirements

  • tqdm -> for progressbar

一些常见生信文件互相转化工具,发现需求还挺大的,但是现有工具各种有问题,就自己现需要先写吧

  • gff2gtf.py -> gff3格式转化为将诶gtf格式。已在ensembl和NCBI的格式上进行过测试
  • gtf2gff.py
  • gtf2beed12.py -> convert gtf or gff3 to bed12 format
  • gmap_splicesites2sj.py -> gmap -A输出的alignment情况,提取出两个文件,一个包含reads位点和intron sites;另一个包含junctions的位点和count