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docs/C02_Common-Utility/06_multiqc.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+# MultiQC
+
+---
+
+!!! Abstract "内容介绍"
+    MultiQC 是一个将数据质控结果汇总并生成报告的软件。
+
+
+## 安装
+
+```bash
+$ conda create -n multiqc
+$ conda activate multiqc
+(multiqc)$ conda install multiqc qualimap fastqc snpeff gatk
+```

docs/C11_Insilico-Genome-Application/02_mlst.md

@@ -22,7 +22,7 @@ $ conda activate mlst
 MLST 支持 `.fa`,`.fasta`,`.gb`,`.gbk`,`.fna`以及这些格式的gz压缩包格式的文件。不加参数可以对所有物种数据库进行扫描，加上参数`--scheme`可以对指定物种进行扫描。
 
 ```bash
-# 直接扫描 fasta 数据
+# 直接扫描 fasta 数据，软件会对序列位点进行判断，选择合适的物种数据库
 (mlst)$ mlst mygenome.fasta
 
 # 支持 multiple fasta 格式
@@ -33,8 +33,24 @@ MLST 支持 `.fa`,`.fasta`,`.gb`,`.gbk`,`.fna`以及这些格式的gz压缩包
 
 # 查看可以扫描的物种
 (mlst)$ mlst --list
+
 # 使用 listera monocytogenes 物种数据库扫描
 (mlst)$ mlst --scheme lmonocytogenes data/*
+
+# 将结果保存
+(mlst)$ mlst --scheme senterica fna/*.fna > mlst.result
+```
+
+更新数据库：MLST数据库随着新添加的数据而不断更新，使用bigsdb建立的MLST数据库可以很方便的更新allele序列和菌株数据。mlst工具也提供了自动化脚本工具更新数据库。
+
+```bash
+# 更新pubmlst数据库
+(mlst)$ cd $CONDA_PREFIX/scripts
+(mlst)$ ./mlst-download_pub_mlst | bash
+(mlst)$ mv ../db/pubmlst ../db/pubmlst.old
+(mlst)$ mv pubmlst ../db
+# 更新blast数据库
+(mlst)$ ./mlst-make_blast_db
 ```
 
 ## 3. 应用举例
@@ -53,3 +69,40 @@ $ esearch -db assembly -query "Bacillus cereus[ORGN] AND latest[SB]" | \
 (mlst)$ mlst --scheme bcereus *.fna.gz > ../bcereus-mlst-result.txt
 (mlst)$ cat ../bcereus-mlst-result.txt
 ```
+
+## 4. 其他
+
+与MLST分析的相关操作
+
+```bash
+# 对沙门菌某个序列位点进行多重序列比对并构建进化树
+(mlst)$ cd $CONDA_PREFI/db/pubmlst/senterica
+# 多重序列比对，大部分位点的序列长度一致的，可以省略比对这一步。
+# 但个别位点存在插入与缺失碱基的需要比对后构建进化树
+$ mafft aroC.tfa > aroC.maf
+# 构建进化树
+$ raxmlHPC-PTHREADS-AVX2 -f a -x 12345 -p 12345 -m GTRGAMMA -#500 -s aroC.maf -n aroC -T 40
+
+# 将所有ST位点序列连锁构建进化树
+(mlst)$ cd $CONDA_PREFI/db/pubmlst/senterica
+$ awk -F'\t' '{if(NR>1) \
+> system("seqkit grep -w 0 -p aroC_"$2" aroC.tfa | tail -1 >> ST_"$1); \
+> system("seqkit grep -w 0 -p dnaN_"$3" dnaN.tfa | tail -1 >> ST_"$1); \
+> system("seqkit grep -w 0 -p hemD_"$4" hemD.tfa | tail -1 >> ST_"$1); \
+> system("seqkit grep -w 0 -p hisD_"$5" hisD.tfa | tail -1 >> ST_"$1); \
+> system("seqkit grep -w 0 -p purE_"$6" purE.tfa | tail -1 >> ST_"$1); \
+> system("seqkit grep -w 0 -p sucA_"$7" sucA.tfa | tail -1 >> ST_"$1); \
+> system("seqkit grep -w 0 -p thrA_"$8" thrA.tfa | tail -1 >> ST_"$1)}' \
+> senterica.txt
+# 去除\n，添加序列名称
+$ for i in ST_*; do sed -i ':a;N;s/\n//;ta' $i; sed -i '1i\>'$i'' $i; done
+# 形成单个fasta文件
+$ for i in ST_*; do cat $i >> ST.fna; done
+# 构建进化树
+$ mafft ST.fna > ST.maf
+$ raxmlHPC-PTHREADS-AVX2 -f a -x 12345 -p 12345 -m GTRGAMMA -#1000 -s ST.maf -n ST -T 40
+
+# 所有位点的dN/dS分析
+
+# 基于MLST位点的种群结构分析
+```

docs/C12_Metagenomics-Analysis/02_centrifuge.md

@@ -3,7 +3,9 @@
 ---
 
 !!! Abstract "内容简介"
-    Centrifuge 是一个序列taxnomic分类软件，可以用来做宏基因组分析，也常用来做微生物测序序列污染鉴定。
+    Centrifuge 是一个序列taxnomic分类软件，可以用来做宏基因组分析，也可以用来做微生物测序序列污染鉴定。
+
+- 版本: v1.0.3 beta
 
 ## 安装
 
@@ -16,8 +18,14 @@ $ conda activate centrifuge
 (centrifuge)$ aria2c ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/centrifuge/data/p_compressed+h+v.tar.gz
 # 解压缩数据库文件
 (centrifuge)$ tar zxvf p_compressed+h+v.tar.gz -C $HOME/dbs/centrifuge
+```
+
+## 使用
+
+```bash
 # 扫描 fasta 序列
 (centrifuge)$ centrifuge -x $HOME/dbs/centrifuge/p_compressed+h+v -U example.fa --report-file report.txt -S results.txt
+
 # 扫描 fastq 序列
 (centrifuge)$ centrifuge -x $HOME/dbs/centrifuge/p_compressed+h+v -U S1_R1.fastq --report-file S1_R1-report.txt -S S1_R1-results.txt
 ```