바이오파이썬으로 만나는 생물정보학

출처: https://korbillgates.tistory.com/211 [생물정보학자의 블로그]

바이오파이썬과 생물정보학 파이썬 프로그래밍을 주제로 작성한 도서입니다. 출간일은 2019년 3월 22일입니다. 생물정보학을 처음 접했을 때, 어디서 부터 시작해야할 지 모르던 때의 고민을 생각하며 작성한 도서입니다.

• 섹션 1은 바이오파이썬의 내용이 담겨있고,
• 섹션 2는 생물정보학 프로그래밍(기초)이 담겨있습니다.

basic_info = {
    "제목(subject)" : "바이오파이썬으로 만나는 생물정보학",
    "저자(author)" : "한주현",
    "페이지(page)" : "312",
    "출간일(publish date)" : "2019년 3월 22일"
    }

reader = {
    1 : "바이오파이썬으로 생물정보학을 배우고 싶은 의생명연구자",
    2 : "파이썬으로 생물정보학 데이터를 다루고 싶은 개발자",
    3 : "실제 코딩 문제를 해결하며 생물정보학 파이썬 프로그래밍 실력을 올리고 싶은 학습자"
    }

purchase = {
    "교보문고" : "https://bit.ly/2CcMJ16",
    "알라딘" : "http://aladin.kr/p/qed0s",
    "예스24" : "http://www.yes24.com/Product/Goods/70861061",
    "인터파크" : "https://bit.ly/2Ur7ahD"
}

목차

섹션 1. 바이오파이썬

1장 바이오파이썬 소개

2장 바이오파이썬 설치

3장 생물정보학 파일 포맷 소개

4장 유전자 서열 다루어보기 : Sequence 객체

5장 Sequence record 객체

6장 FASTA, FASTQ, GenBank 파일 : Sequence 읽기

7장 인간과 다른 동물은 얼마나 다를까? 종 간 차이점의 비밀: Multiple Sequence Alignment

8장 원인 불명의 환자에서 나온 미지의 종 찾기 : BLAST

9장 NCBI 데이터베이스

10장 단백질의 세계로 : Swiss-Prot과 ExPASy

11장 계통분류학 분석 : Bio.Phylo

12장 시스템생물학 지도 : KEGG

13장 바이오파이썬 활용 연습문제

섹션 2. 생물정보학 파이썬 프로그래밍

1. 프로그래밍 시작

2. 자료형 다루기

2.1 문자열

2.2 숫자

2.3 리스트

2.4 사전

2.5 세트

2.6 튜플

3. 클래스

4. 알고리즘 소개

5. 생물정보학 파일 다루기

5.1 FASTA

5.2 VCF

5.3 BED