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chengcz · Jul 31, 2018 · bdccd41 · bdccd41
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diff --git a/1970/201808_ScISOr-Seq/index.html b/1970/201808_ScISOr-Seq/index.html
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@@ -116,14 +116,14 @@
 
 
   <meta name="description" content="linux 登录远程登录linux服务器具体原理呢，水平还不够，说不清，先简单粗暴上方法。一般采取ssh的方式远程登录，常用ssh客户端有xshell, putty，本地电脑与服务器间数据传输一般是ftp客户端的方式，可以使用xftp, FileZilla。 登录需要帐号，密码，主机地址(ip或可解析网址)，一般ssh登录端口选择22，ftp登录端口选择21。 basic command ls：列">
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diff --git a/2017/201703_parsePEfastq/index.html b/2017/201703_parsePEfastq/index.html
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 <meta property="og:site_name" content="ChengCZ&#39;s Notebook">
 <meta property="og:description" content="github看了业界大神li heng序列解析的脚本readfq，智商着急啊，没看懂，倒是新学了一个新功能，python生成器yield。 readfq.py适用于fasta或者单端fastq文件，但是目前测序主要以双端数据为主，现学现卖，实现了一个paried-end数据解析器，代码如下： 123456789101112131415161718192021222324252627#!/usr/b">
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 <meta name="twitter:description" content="github看了业界大神li heng序列解析的脚本readfq，智商着急啊，没看懂，倒是新学了一个新功能，python生成器yield。 readfq.py适用于fasta或者单端fastq文件，但是目前测序主要以双端数据为主，现学现卖，实现了一个paried-end数据解析器，代码如下： 123456789101112131415161718192021222324252627#!/usr/b">
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-                <span itemprop="about" itemscope itemtype="http://schema.org/Thing"><a href="/categories/python/" itemprop="url" rel="index"><span itemprop="name">python</span></a></span>
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diff --git a/2017/201704_rankabundance/index.html b/2017/201704_rankabundance/index.html
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   <meta name="description" content="ggplot2实现微生物rank abundance绘图，另发现了reshape2能方便的进行dataframe格式整理，长表格，宽表格相互转换 具体代码实现如下： 123456789101112131415161718192021222324252627282930library(ggplot2)library(reshape2)# otu_table    抽平后的otu table，第一列为">
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@@ -418,7 +418,7 @@ <h1 class="post-title" itemprop="name headline">使用 ggplot 绘制扩增子 ra
 
                   <span class="post-meta-item-text">更新于</span>
 
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@@ -516,6 +516,8 @@ <h1 class="post-title" itemprop="name headline">使用 ggplot 绘制扩增子 ra
 
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+
         </div>
 
 

diff --git a/2017/201705_RefSeqGFF2GTF/index.html b/2017/201705_RefSeqGFF2GTF/index.html
@@ -116,14 +116,14 @@
 
 
   <meta name="description" content="最近一项目被RefSeq数据库中gff注释格式折磨死，流程总是不能正确识别，各种方法改了格式，勉强运行，后续步骤继续报错，想着以后肯定还有更多这种情况，自己对文件格式的理解，写了格式转换脚本。 GFF和GTF格式非常类似，都被用来基因结构注释，由9列表示不同意义的特征组成，多行共同注释一个基因的详细结构。然而两者又有很大差异，脚本处理起来也是不同。相比而言GTF处理起来简单些，第三列feature">
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 <meta property="og:title" content="RefSeq 数据库 GFF 格式转换">
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 <meta property="og:description" content="最近一项目被RefSeq数据库中gff注释格式折磨死，流程总是不能正确识别，各种方法改了格式，勉强运行，后续步骤继续报错，想着以后肯定还有更多这种情况，自己对文件格式的理解，写了格式转换脚本。 GFF和GTF格式非常类似，都被用来基因结构注释，由9列表示不同意义的特征组成，多行共同注释一个基因的详细结构。然而两者又有很大差异，脚本处理起来也是不同。相比而言GTF处理起来简单些，第三列feature">
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 <meta name="twitter:title" content="RefSeq 数据库 GFF 格式转换">
 <meta name="twitter:description" content="最近一项目被RefSeq数据库中gff注释格式折磨死，流程总是不能正确识别，各种方法改了格式，勉强运行，后续步骤继续报错，想着以后肯定还有更多这种情况，自己对文件格式的理解，写了格式转换脚本。 GFF和GTF格式非常类似，都被用来基因结构注释，由9列表示不同意义的特征组成，多行共同注释一个基因的详细结构。然而两者又有很大差异，脚本处理起来也是不同。相比而言GTF处理起来简单些，第三列feature">
@@ -416,7 +416,7 @@ <h1 class="post-title" itemprop="name headline">RefSeq 数据库 GFF 格式转
 
                   <span class="post-meta-item-text">更新于</span>
 
-                <time title="修改时间：2018-05-17 19:14:40" itemprop="dateModified" datetime="2018-05-17T19:14:40+08:00">2018-05-17</time>
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@@ -433,7 +433,7 @@ <h1 class="post-title" itemprop="name headline">RefSeq 数据库 GFF 格式转
                 <span class="post-meta-item-text">分类于</span>
 
 
-                <span itemprop="about" itemscope itemtype="http://schema.org/Thing"><a href="/categories/bioinfor/" itemprop="url" rel="index"><span itemprop="name">bioinfor</span></a></span>
+                <span itemprop="about" itemscope itemtype="http://schema.org/Thing"><a href="/categories/bioformat/" itemprop="url" rel="index"><span itemprop="name">bioformat</span></a></span>
 
 
 
@@ -510,9 +510,7 @@ <h1 class="post-title" itemprop="name headline">RefSeq 数据库 GFF 格式转
 
         <div class="post-tags">
 
-            <a href="/tags/GFF/" rel="tag"># GFF</a>
-
-            <a href="/tags/GTF/" rel="tag"># GTF</a>
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         </div>
 

diff --git a/2017/201705_anaconda/index.html b/2017/201705_anaconda/index.html
@@ -116,13 +116,14 @@
 
 
   <meta name="description" content="python大法好，但是坑爹的版本，坑爹的包管理，折腾死大把大把工作时间。anaconda实现了python2和python3和谐共存，同时conda更方便的进行包管理，支持win，linux，mac多系统平台。 还有一些小小的便利，anaconda已经提供了python科学计算常用包，numpy, pandas, matplotlib等等，python notebook也必然是有的，目前已更名为">
+<meta name="keywords" content="anaconda">
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 <meta property="og:title" content="python 科学计算 —— anaconda">
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+<meta property="og:updated_time" content="2018-07-31T11:14:51.553Z">
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 <meta name="twitter:title" content="python 科学计算 —— anaconda">
 <meta name="twitter:description" content="python大法好，但是坑爹的版本，坑爹的包管理，折腾死大把大把工作时间。anaconda实现了python2和python3和谐共存，同时conda更方便的进行包管理，支持win，linux，mac多系统平台。 还有一些小小的便利，anaconda已经提供了python科学计算常用包，numpy, pandas, matplotlib等等，python notebook也必然是有的，目前已更名为">
@@ -415,7 +416,7 @@ <h1 class="post-title" itemprop="name headline">python 科学计算 —— anaco
 
                   <span class="post-meta-item-text">更新于</span>
 
-                <time title="修改时间：2018-05-17 22:30:07" itemprop="dateModified" datetime="2018-05-17T22:30:07+08:00">2018-05-17</time>
+                <time title="修改时间：2018-07-31 19:14:51" itemprop="dateModified" datetime="2018-07-31T19:14:51+08:00">2018-07-31</time>
 
 
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@@ -515,6 +516,12 @@ <h2 id="anaconda镜像设置"><a href="#anaconda镜像设置" class="headerlink"
 
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+
+            <a href="/tags/anaconda/" rel="tag"># anaconda</a>
+
+        </div>
+
 
 
 

diff --git a/2017/201705_linuxfind/index.html b/2017/201705_linuxfind/index.html
@@ -116,13 +116,14 @@
 
 
   <meta name="description" content="find，Linux常用文件搜索命令简要整理 基本用法find基本用法如：find [path] &amp;lt;search regular&amp;gt; [action]  可选参数path，支持空格分隔的多路径查找，默认为当前路径 可选参数action -print，匹配文件输出到stdout，默认 -exec，对find匹配到的文件执行该参数所给出的shell命令，格式为command { } \;，其">
+<meta name="keywords" content="shell">
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 <meta property="og:title" content="Linux 命令 —— find">
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 <meta property="og:description" content="find，Linux常用文件搜索命令简要整理 基本用法find基本用法如：find [path] &amp;lt;search regular&amp;gt; [action]  可选参数path，支持空格分隔的多路径查找，默认为当前路径 可选参数action -print，匹配文件输出到stdout，默认 -exec，对find匹配到的文件执行该参数所给出的shell命令，格式为command { } \;，其">
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+<meta property="og:updated_time" content="2018-07-31T11:16:00.798Z">
 <meta name="twitter:card" content="summary">
 <meta name="twitter:title" content="Linux 命令 —— find">
 <meta name="twitter:description" content="find，Linux常用文件搜索命令简要整理 基本用法find基本用法如：find [path] &amp;lt;search regular&amp;gt; [action]  可选参数path，支持空格分隔的多路径查找，默认为当前路径 可选参数action -print，匹配文件输出到stdout，默认 -exec，对find匹配到的文件执行该参数所给出的shell命令，格式为command { } \;，其">
@@ -415,7 +416,7 @@ <h1 class="post-title" itemprop="name headline">Linux 命令 —— find
 
                   <span class="post-meta-item-text">更新于</span>
 
-                <time title="修改时间：2018-05-17 19:14:25" itemprop="dateModified" datetime="2018-05-17T19:14:25+08:00">2018-05-17</time>
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           </span>
@@ -544,6 +545,12 @@ <h1 id="示例"><a href="#示例" class="headerlink" title="示例"></a>示例</
 
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+            <a href="/tags/shell/" rel="tag"># shell</a>
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+
 
 
 

diff --git a/2017/201705_parsefasta/index.html b/2017/201705_parsefasta/index.html
@@ -123,7 +123,7 @@
 <meta property="og:site_name" content="ChengCZ&#39;s Notebook">
 <meta property="og:description" content="fasta格式最常见，也最常用，也是分析中最简单的格式吧，以&amp;gt;开始后续字符表示序列名称，空格后对序列进行描述（可能不存在），换行即为序列信息，可包括换行。下面是一个fasta格式序列实例： 1234&amp;gt;gi|187608668|ref|NM_001043364.2| Bombyx mori moricin (Mor), mRNAAAACCGCGCAGTTATTTAAAATATGAATAT">
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 <meta name="twitter:card" content="summary">
 <meta name="twitter:title" content="fasta 序列解析">
 <meta name="twitter:description" content="fasta格式最常见，也最常用，也是分析中最简单的格式吧，以&amp;gt;开始后续字符表示序列名称，空格后对序列进行描述（可能不存在），换行即为序列信息，可包括换行。下面是一个fasta格式序列实例： 1234&amp;gt;gi|187608668|ref|NM_001043364.2| Bombyx mori moricin (Mor), mRNAAAACCGCGCAGTTATTTAAAATATGAATAT">
@@ -416,7 +416,7 @@ <h1 class="post-title" itemprop="name headline">fasta 序列解析
 
                   <span class="post-meta-item-text">更新于</span>
 
-                <time title="修改时间：2018-05-17 19:14:31" itemprop="dateModified" datetime="2018-05-17T19:14:31+08:00">2018-05-17</time>
+                <time title="修改时间：2018-07-31 19:33:35" itemprop="dateModified" datetime="2018-07-31T19:33:35+08:00">2018-07-31</time>
 
 
           </span>
@@ -433,7 +433,7 @@ <h1 class="post-title" itemprop="name headline">fasta 序列解析
                 <span class="post-meta-item-text">分类于</span>
 
 
-                <span itemprop="about" itemscope itemtype="http://schema.org/Thing"><a href="/categories/python/" itemprop="url" rel="index"><span itemprop="name">python</span></a></span>
+                <span itemprop="about" itemscope itemtype="http://schema.org/Thing"><a href="/categories/bioformat/" itemprop="url" rel="index"><span itemprop="name">bioformat</span></a></span>