R Markdown学术写作教程

完整视频教程已发表在医咖会R Markdown学术写作系列教程

为什么要学R Markdown? 我给你10个理由

R Markdown学术写作的优势一句话：all in one。

1个Rstudio可以把学术写作的所有要素全部集中，不需要额外的软件。一个R Markdown文件，一个完整的workflow，完全复现你写作中的方方面面。从数据清洗、分析、写作、发表一条龙服务。

1. 支持markdown语法，可以分享在任何支持markdown语法的博客和Github上。Markdown基本语法5分钟左右即可掌握，不会出现乱七八糟的格式，避免了word各种繁琐的格式调整。
2. 所有的数据分析都可以在写作中，边写边呈现结果。可以随意定制，如是否显示输出结果、是否显示图片，是否显示代码。随意控制输出的样式，如图片大小、坐标样式。臃肿的SAS、SPSS、Stata几乎都可以抛弃（Rstudio具备优秀的数据分析和可视化包）。
3. 不需要额外的参考文献管理工具，最新版的Rstudio 1.4默认集成了文献管理，支持Bib文献库（即Bibtex）。参考文献的style史上最全，兼容CSL的style，随意切换，快速达到投稿要求。
4. 几乎覆盖了所有出版集团的写作模板（如Elsevier，springer，MDPI等）。
5. 支持除R以外的其他编程语言，如Python、SQL、D3、Rcpp（C++）等。
6. 支持LaTeX的排版和语法。
7. 支持输出几乎所有主流的格式，包括html/pdf/docx/pptx/md等。
8. 适应任何写作目的：manuscript、book、presentation、blog、CV、post。
9. 更好的协作性。自带git模块，版本管理，团队协作游刃有余。
10. 几行代码自动生成美观的表格，Table 1 和OR可以通过相应的包自动测算并输出。

介绍

R Markdown学术写作课程（医咖会），该课的主要目的是为提高基于R的科学研究便捷性、高效性、可重复性。同时也是推广R Markdown的中国化。

适用人群

科研工作者、研究生、数据科学从业者等

术语及文档规范

• R语言 - 使用大写字母R
• Rstudio和R程序均为英文界面和英文提示报错
• R Markdown - 官方称为R Markdown （同义词Rmarkdown、R markdown等）
• rmarkdown - 这个是R Markdown 的包名称，即需要安装rmarkdown package才能进行下一步的操作
• .Rmd - R Markdown文件扩展名，首字母大写
• R包的名字 - 全部使用小写，如tidyverse、knitr...
• .Rmd代码块和命令行全部为小写字母 - 布尔值除外（TRUE,FALSE）
• .Rmd代码块符号前后必须有空格 - 如 a <- 2 , b = 3 .
• 所有文件名称均为英文

课程大纲

第一章 准备工作与理论

1. R Markdown是什么（生态、作者、历史）
2. R Markdown写作的优势（相较于word、jupyter notebook）
   • all in one (即将写作和统计分析、作图融合在一起，一个程序解决所有问题)
   • 兼容markdown语法、可以运行除R以外的代码（python、SQL等）
   • 可以将文档转化成常见格式，便于发布和整理
   • 可以和git融合，方便版本控制，天生开源特性
   • 丰富的模板和自动化操作
   • 可复现/可重复性（Reproducible）是学术研究的命脉
3. R Markdown的工作原理及结构
   • rmarkdown包依赖knitr 和 Pandoc进行文件输出和转化
   • Rmd文件结构（yaml、text（markdown、latex、html）、code chunk）
4. 可以做什么
   • 写论文
   • 写书
   • 写毕业论文
   • 写学术墙报
   • 写简历
   • ...
5. Rstudio的安装、设置和包管理
   • Rstudio的安装及注意事项
   • Rstudio的设置
   • 包管理（内置方法、devtools、remotes、pacman）
6. R Markdown需要安装的包
   • tinytex
   • rticles
   • tidyverse
   • bookdown

第二章 基础操作与参数讲解

1. YAML头部及参数

   • YAML语法注意事项
   • 常见参数设置title|author|output|toc|template|reference等
   • ymlthis包快速设置

2. markdown语法速成（5分钟）

3. chunk（代码块）

   • 插入代码块（R和python演示）
   • chunk option

4. 表格

   • 表格使用的包（flextable、kableExtra）
   • 管道操作%>% (magrittr)
   • 和我一起Table one

5. 图片

   • chunk生成图片
   • 外部图片

6. 引用

   • csl及引文样式
   • 配合参考文献管理工具（jabref、endnote、zotero）
   • 参考文献引用（1.4版本说明）
   • 文档内部引用（引用图片、表格或某章节）

7. 一些格式操作

   • 分页
   • header latex设置和模板
   • 首行缩进
   • 文档拆分与合并

第三章 实战学术写作

1. 实战
   • 写一个完整的manuscript
   • 关于rticles包
   • 写一个post（postdown包）
   • 写一本书，以ElegantBookdown: A bookdown wrapper for ElegantBook 这本开源书籍为例
   • 写一个学术简历（vitae包）
2. 结语
   • 我的一些理念
   • 对R的未来畅想
   • 致谢

关于作者

梁昊，工作于湖南中医药大学 中医诊断研究所。 医学博士，讲师，主治医师,硕士研究生导师。

半个码农，后半生准备投身医学人工智能。临床擅长诊治心血管疾病及儿科疾病，尤其对失眠、久咳、小儿遗尿治疗颇有心得。