Add initial pass of SS simulation for length-dist

.gitignore

@@ -0,0 +1,4 @@
+length-dist/ss_sim/*yellow
+length-dist/ss_sim/*cod
+ss3sim_scalar.csv
+ss3sim_ts.csv

length-dist/ss_sim/cases/E100-cod.txt

@@ -0,0 +1,9 @@
+#description: *Deterministic* fixed M, no qSurvey, fixed steepness
+natM_type;          NULL
+natM_n_breakpoints; NULL
+natM_lorenzen;      NULL
+natM_val;           NULL
+par_name;           c("LnQ_base_Fishery(1)","SR_sigmaR,NatM_p_1_Fem_GP_1")
+par_int;            c(NA,0.001,NA)
+par_phase;          c(-1,-1,-1)
+forecast_num;       0

length-dist/ss_sim/cases/E100-yellow.txt

@@ -0,0 +1,9 @@
+#description: *Deterministic* fixed M, no qSurvey, fixed steepness
+natM_type;          NULL
+natM_n_breakpoints; NULL
+natM_lorenzen;      NULL
+natM_val;           NULL
+par_name;           c("LnQ_base_Fishery(1)","SR_sigmaR,NatM_p_1_Fem_GP_1")
+par_int;            c(NA,0.001,NA)
+par_phase;          c(-1,-1,-1)
+forecast_num;       0

length-dist/ss_sim/cases/F0-cod.txt

@@ -0,0 +1,6 @@
+# Casefile autogenerated using create_f.R, a script in 
+# ss3sim/ss3models/extra
+# Constant F, at Fmsy for 75 years
+years; c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100)
+fisheries; 1
+fvals; c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052, 0.1052)

length-dist/ss_sim/cases/F0-yellow.txt

@@ -0,0 +1,6 @@
+# Casefile autogenerated using create_f.R, a script in 
+# ss3sim/ss3models/extra
+# Constant F, at Fmsy for 75 years
+years; c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100)
+fisheries; 1
+fvals; c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667, 0.0484266666666667)

length-dist/ss_sim/cases/O0-cod.txt

@@ -0,0 +1,5 @@
+# A sample case file for OM change_o() arguments
+
+par_name; c("SizeSel_P1_Fishery(1)")
+
+par_int; c(100.8)

length-dist/ss_sim/cases/O0-yellow.txt

@@ -0,0 +1,5 @@
+# A sample case file for OM change_o() arguments
+
+par_name; c("SizeSel_P1_Fishery(1)")
+
+par_int; c(46)

length-dist/ss_sim/cases/O1-cod.txt

@@ -0,0 +1,5 @@
+# A sample case file for OM change_o() arguments
+
+par_name; c("SizeSel_P1_Fishery(1)")
+
+par_int; c(10.8)

length-dist/ss_sim/cases/O1-yellow.txt

@@ -0,0 +1,5 @@
+# A sample case file for OM change_o() arguments
+
+par_name; c("SizeSel_P1_Fishery(1)")
+
+par_int; c(30)

length-dist/ss_sim/cases/agecomp0-cod.txt

@@ -0,0 +1,4 @@
+fleets; NULL
+Nsamp; NULL
+years; NULL
+cpar; NULL

length-dist/ss_sim/cases/agecomp0-yellow.txt

@@ -0,0 +1,4 @@
+fleets; NULL
+Nsamp; NULL
+years; NULL
+cpar; NULL

length-dist/ss_sim/cases/index0-cod.txt

@@ -0,0 +1,3 @@
+fleets; 2
+years; list(c(76,78,80,82,84,86,88,90,92,94,96,98,100))
+sds_obs; list(0.2)

length-dist/ss_sim/cases/index0-yellow.txt

@@ -0,0 +1,3 @@
+fleets; 2
+years; list(c(76,78,80,82,84,86,88,90,92,94,96,98,100))
+sds_obs; list(0.2)

length-dist/ss_sim/cases/lcomp0-cod.txt

@@ -0,0 +1,4 @@
+fleets; c(1)
+Nsamp; list(c(500,500,500,500,500,500,500,500,500,500,500,500,500,500,500))
+years; list(c(26,36,46,56,60,64,68,72,76,80,84,88,92,96,100))
+cpar; c(2)

length-dist/ss_sim/cases/lcomp0-yellow.txt

@@ -0,0 +1,4 @@
+fleets; c(1)
+Nsamp; list(c(500,500,500,500,500,500,500,500,500,500,500,500,500,500,500))
+years; list(c(26,36,46,56,60,64,68,72,76,80,84,88,92,96,100))
+cpar; c(2)