Quick And Dirty ABA Análisis

Este paquete intenta facilitar la exploración de las librerías de expresión genética de adultos y humanos en desarrollo relacionados con el Allen Brain Atlas.

No pretende suplantar el uso del paquete ABAEnrichment, solo simplificarlo para los alumnos de la clase de Diseño experimental en la licenciatura de Neurobiología.

Instalación

Instalando paquetes ABA

Un requerimiento importante de este paquete son ABAData y ABAEnrichment, estos dos paquetes requieren estar instalados.

El paquete ABA no tiene una instalación similar a la que generalmente se realiza con los paquetes de R, por lo que puede ser confuso. Sin embargo con los siguientes comandos quedaran instalados en la mayoría de los casos.

Primero instalamos el manager de Bioconductor

install.packages("BiocManager")

Despues con el manager instalamos el paquete de datos ABA

BiocManager::install("ABAData")

Luego podemos intalar el paquete ABAEnrichment

BiocManager::install("ABAEnrichment")

Instalación del paquete QuickAndDirtyABAAnalisis

El primer paso es instalar el paquete devtools()

install.packages('devtools')

Despues utilizaremos la función install_github() de este paquete para terminar de instalar el paquete

devtools::install_github('nekrum/QuickAndDirtyABAAnalisis')

Uso del paquete

Con el paquete instalado solo falta cargarlo

Se carga el paquete:

library(QuickAndDirtyABAAnalisis)

Cualquier duda sobre el paquete o las funciones se puede consultar con el simbolo ?

Por ejemplo para consultar la ayuda general de este paquete se puede ejecutar en la consola de R

?QuickAndDirtyABAAnalisis

Nota :

Para que la ayuda funcione necesitamos haber cargado la librería como se menciona en el paso anterior

Esto desplegará la descripción de las funciones y el obejtivo de todo el paquete. Para explorar una función de R y sus argumentos podemos revisar la ayuda del mismo

?GetGenAreas

Dandonos una breve explicación de la función y sus comandos.

Para buscar areas relacionadas con un Gen

Esta función nos permite buscar un gen por un aproximado de su nombre o por su identificador ensembl

GetGenAreas(gene.name.pattern = 'A1BG', ensembl.id = 'ENSG', selected.dataset = "dataset_5_stages")

Nota:

Es importante destacar que solo se mostraran los genes y las áreas para el conjunto de datos definido con el argumento selected.dataset

Para buscar genes expresados en un area

Esta función nos permite ver los genes y la expresión asociada a una area, la cual se puede buscar por un aprocimado de su nombre con el argumento structure.selected o con el identificador de la estructura usando el argumento structure.id.

GetAreasGenes(structure.selected = 'accumbens', structure.id = 4679, selected.dataset = "dataset_adult")

Nota:

Es importante destacar que solo se mostraran los genes y las áreas para el conjunto de datos definido con el argumento selected.dataset

Para obtener todas las areas de un dataset

Extrae todas las areas que se encuentran dentro de un conjunto de datos definido por el argumento selected.dataset, de aquí se puede obtener el identificador de una estructura que es quizá el mejor método para buscar un area con la función GetAreasGen()

GetDatasetAreasSimplified(selected.dataset = 'dataset_5_stages')