Skip to content

Commit

Permalink
Merge pull request Ensembl#252 from Ensembl/bugfix/seleno_biotypes
Browse files Browse the repository at this point in the history 
bugfix/seleno biotypes
  • Loading branch information
@thibauthourlier
thibauthourlier authored Sep 1, 2021
2 parents af40ce1 + ed01945 commit 422ecb8
Show file tree
Hide file tree
Showing 2 changed files with 819 additions and 19 deletions.
278 changes: 259 additions & 19 deletions modules/Bio/EnsEMBL/Analysis/Hive/Config/GenebuilderStatic.pm
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -84,15 +84,55 @@ sub _master_config {
my %config = (
default => [],
primates_basic => [
'IG_C_gene',
'IG_J_gene',
'IG_V_gene',
'IG_D_gene',
'TR_C_gene',
'TR_J_gene',
'TR_V_gene',
'TR_D_gene',
'seleno_self',
'IG_C_gene',
'IG_J_gene',
'IG_V_gene',
'IG_D_gene',
'TR_C_gene',
'TR_J_gene',
'TR_V_gene',
'TR_D_gene',
'seleno_self',
'fish_pe12_seleno_1',
'human_pe12_seleno_1',
'mammals_pe12_seleno_1',
'seleno_other_1',
'vert_pe12_seleno_1',
'mouse_pe12_seleno_1',
'self_pe12_seleno_1',
'reptiles_pe12_seleno_1',
'aves_pe12_seleno_1',
'amphibians_seleno_1',
'fish_pe12_seleno_2',
'human_pe12_seleno_2',
'mammals_pe12_seleno_2',
'seleno_other_2',
'vert_pe12_seleno_2',
'mouse_pe12_seleno_2',
'self_pe12_seleno_2',
'reptiles_pe12_seleno_2',
'aves_pe12_seleno_2',
'amphibians_seleno_2',
'fish_pe12_seleno_3',
'human_pe12_seleno_3',
'mammals_pe12_seleno_3',
'seleno_other_3',
'vert_pe12_seleno_3',
'mouse_pe12_seleno_3',
'self_pe12_seleno_3',
'reptiles_pe12_seleno_3',
'aves_pe12_seleno_3',
'amphibians_seleno_3',
'fish_pe12_seleno_4',
'human_pe12_seleno_4',
'mammals_pe12_seleno_4',
'seleno_other_4',
'vert_pe12_seleno_4',
'mouse_pe12_seleno_4',
'self_pe12_seleno_4',
'reptiles_pe12_seleno_4',
'aves_pe12_seleno_4',
'amphibians_seleno_4',
'cdna2genome',
'edited',
'gw_gtag',
Expand Down Expand Up @@ -145,6 +185,46 @@ sub _master_config {
'TR_V_gene',
'TR_D_gene',
'seleno_self',
'fish_pe12_seleno_1',
'human_pe12_seleno_1',
'mammals_pe12_seleno_1',
'seleno_other_1',
'vert_pe12_seleno_1',
'mouse_pe12_seleno_1',
'self_pe12_seleno_1',
'reptiles_pe12_seleno_1',
'aves_pe12_seleno_1',
'amphibians_seleno_1',
'fish_pe12_seleno_2',
'human_pe12_seleno_2',
'mammals_pe12_seleno_2',
'seleno_other_2',
'vert_pe12_seleno_2',
'mouse_pe12_seleno_2',
'self_pe12_seleno_2',
'reptiles_pe12_seleno_2',
'aves_pe12_seleno_2',
'amphibians_seleno_2',
'fish_pe12_seleno_3',
'human_pe12_seleno_3',
'mammals_pe12_seleno_3',
'seleno_other_3',
'vert_pe12_seleno_3',
'mouse_pe12_seleno_3',
'self_pe12_seleno_3',
'reptiles_pe12_seleno_3',
'aves_pe12_seleno_3',
'amphibians_seleno_3',
'fish_pe12_seleno_4',
'human_pe12_seleno_4',
'mammals_pe12_seleno_4',
'seleno_other_4',
'vert_pe12_seleno_4',
'mouse_pe12_seleno_4',
'self_pe12_seleno_4',
'reptiles_pe12_seleno_4',
'aves_pe12_seleno_4',
'amphibians_seleno_4',
'cdna2genome',
'edited',
'gw_gtag',
Expand Down Expand Up @@ -220,6 +300,46 @@ sub _master_config {
'TR_V_gene',
'TR_D_gene',
'seleno_self',
'fish_pe12_seleno_1',
'human_pe12_seleno_1',
'mammals_pe12_seleno_1',
'seleno_other_1',
'vert_pe12_seleno_1',
'mouse_pe12_seleno_1',
'self_pe12_seleno_1',
'reptiles_pe12_seleno_1',
'aves_pe12_seleno_1',
'amphibians_seleno_1',
'fish_pe12_seleno_2',
'human_pe12_seleno_2',
'mammals_pe12_seleno_2',
'seleno_other_2',
'vert_pe12_seleno_2',
'mouse_pe12_seleno_2',
'self_pe12_seleno_2',
'reptiles_pe12_seleno_2',
'aves_pe12_seleno_2',
'amphibians_seleno_2',
'fish_pe12_seleno_3',
'human_pe12_seleno_3',
'mammals_pe12_seleno_3',
'seleno_other_3',
'vert_pe12_seleno_3',
'mouse_pe12_seleno_3',
'self_pe12_seleno_3',
'reptiles_pe12_seleno_3',
'aves_pe12_seleno_3',
'amphibians_seleno_3',
'fish_pe12_seleno_4',
'human_pe12_seleno_4',
'mammals_pe12_seleno_4',
'seleno_other_4',
'vert_pe12_seleno_4',
'mouse_pe12_seleno_4',
'self_pe12_seleno_4',
'reptiles_pe12_seleno_4',
'aves_pe12_seleno_4',
'amphibians_seleno_4',
'cdna2genome',
'edited',
'gw_gtag',
Expand Down Expand Up @@ -369,6 +489,46 @@ sub _master_config {
'TR_V_gene',
'TR_D_gene',
'seleno_self',
'fish_pe12_seleno_1',
'human_pe12_seleno_1',
'mammals_pe12_seleno_1',
'seleno_other_1',
'vert_pe12_seleno_1',
'mouse_pe12_seleno_1',
'self_pe12_seleno_1',
'reptiles_pe12_seleno_1',
'aves_pe12_seleno_1',
'amphibians_seleno_1',
'fish_pe12_seleno_2',
'human_pe12_seleno_2',
'mammals_pe12_seleno_2',
'seleno_other_2',
'vert_pe12_seleno_2',
'mouse_pe12_seleno_2',
'self_pe12_seleno_2',
'reptiles_pe12_seleno_2',
'aves_pe12_seleno_2',
'amphibians_seleno_2',
'fish_pe12_seleno_3',
'human_pe12_seleno_3',
'mammals_pe12_seleno_3',
'seleno_other_3',
'vert_pe12_seleno_3',
'mouse_pe12_seleno_3',
'self_pe12_seleno_3',
'reptiles_pe12_seleno_3',
'aves_pe12_seleno_3',
'amphibians_seleno_3',
'fish_pe12_seleno_4',
'human_pe12_seleno_4',
'mammals_pe12_seleno_4',
'seleno_other_4',
'vert_pe12_seleno_4',
'mouse_pe12_seleno_4',
'self_pe12_seleno_4',
'reptiles_pe12_seleno_4',
'aves_pe12_seleno_4',
'amphibians_seleno_4',
'cdna2genome',
'edited',
'gw_gtag',
Expand Down Expand Up @@ -417,6 +577,46 @@ sub _master_config {
'TR_V_gene',
'TR_D_gene',
'seleno_self',
'fish_pe12_seleno_1',
'human_pe12_seleno_1',
'mammals_pe12_seleno_1',
'seleno_other_1',
'vert_pe12_seleno_1',
'mouse_pe12_seleno_1',
'self_pe12_seleno_1',
'reptiles_pe12_seleno_1',
'aves_pe12_seleno_1',
'amphibians_seleno_1',
'fish_pe12_seleno_2',
'human_pe12_seleno_2',
'mammals_pe12_seleno_2',
'seleno_other_2',
'vert_pe12_seleno_2',
'mouse_pe12_seleno_2',
'self_pe12_seleno_2',
'reptiles_pe12_seleno_2',
'aves_pe12_seleno_2',
'amphibians_seleno_2',
'fish_pe12_seleno_3',
'human_pe12_seleno_3',
'mammals_pe12_seleno_3',
'seleno_other_3',
'vert_pe12_seleno_3',
'mouse_pe12_seleno_3',
'self_pe12_seleno_3',
'reptiles_pe12_seleno_3',
'aves_pe12_seleno_3',
'amphibians_seleno_3',
'fish_pe12_seleno_4',
'human_pe12_seleno_4',
'mammals_pe12_seleno_4',
'seleno_other_4',
'vert_pe12_seleno_4',
'mouse_pe12_seleno_4',
'self_pe12_seleno_4',
'reptiles_pe12_seleno_4',
'aves_pe12_seleno_4',
'amphibians_seleno_4',
'cdna2genome',
'edited',
'gw_gtag',
Expand Down Expand Up @@ -473,16 +673,56 @@ sub _master_config {
],

hemiptera_basic => [
'IG_C_gene',
'IG_J_gene',
'IG_V_gene',
'IG_D_gene',
'TR_C_gene',
'TR_J_gene',
'TR_V_gene',
'TR_D_gene',
'seleno_self',
'cdna2genome',
'IG_C_gene',
'IG_J_gene',
'IG_V_gene',
'IG_D_gene',
'TR_C_gene',
'TR_J_gene',
'TR_V_gene',
'TR_D_gene',
'seleno_self',
'fish_pe12_seleno_1',
'human_pe12_seleno_1',
'mammals_pe12_seleno_1',
'seleno_other_1',
'vert_pe12_seleno_1',
'mouse_pe12_seleno_1',
'self_pe12_seleno_1',
'reptiles_pe12_seleno_1',
'aves_pe12_seleno_1',
'amphibians_seleno_1',
'fish_pe12_seleno_2',
'human_pe12_seleno_2',
'mammals_pe12_seleno_2',
'seleno_other_2',
'vert_pe12_seleno_2',
'mouse_pe12_seleno_2',
'self_pe12_seleno_2',
'reptiles_pe12_seleno_2',
'aves_pe12_seleno_2',
'amphibians_seleno_2',
'fish_pe12_seleno_3',
'human_pe12_seleno_3',
'mammals_pe12_seleno_3',
'seleno_other_3',
'vert_pe12_seleno_3',
'mouse_pe12_seleno_3',
'self_pe12_seleno_3',
'reptiles_pe12_seleno_3',
'aves_pe12_seleno_3',
'amphibians_seleno_3',
'fish_pe12_seleno_4',
'human_pe12_seleno_4',
'mammals_pe12_seleno_4',
'seleno_other_4',
'vert_pe12_seleno_4',
'mouse_pe12_seleno_4',
'self_pe12_seleno_4',
'reptiles_pe12_seleno_4',
'aves_pe12_seleno_4',
'amphibians_seleno_4',
'cdna2genome',
'edited',
'gw_gtag',
'gw_nogtag',
Expand Down
Loading

0 comments on commit 422ecb8

Please sign in to comment.