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source/11-auto-report.md

@@ -10,16 +10,14 @@
 
 要使用文学化编程，必须得有一些设定的规则来标记哪些是代码，哪些是正文，否则这事儿没法进行。最早的语法是这样：用`<<>>=`来标记代码的开始，用`@`标记正文的开始，凡是遇到这两类符号，也就意味着要换频道了，下文要标记为代码或正文。例如，
 
-```
-@
-hello, I will do 1 + 2 next:
+    @
+    hello, I will do 1 + 2 next:
 
-<<foo>>=
-1 + 2
-@
+    <<foo>>=
+    1 + 2
+    @
 
-OK, I'm done now.
-```
+    OK, I'm done now.
 
 这一块文字中包含两段正文和一段代码。编译它的时候，计算机根据前面的规则就知道`<<>>=`下面的是可以运算的代码，而`@`下面是正文，不能当作代码运行。这就是文学化编程的基本思想，它可以很容易移植到自动化报告中来，下面我们再详细说里面的细节问题。Sweave借用了这个思想，把R代码嵌入报告中，编译报告的时候R代码被执行，源文档中的R代码在输出的时候被替换为相应的运行结果，这些结果和原来的报告正文混合起来就形成了一篇有结果的报告。这样，我们只需要维护包含源代码的源文档，让结果文档自动生成，而不要手工运行代码并复制粘贴结果到文档里，这样做既累人又容易出错。记住，只有源代码是可以信赖的。注意我并不是说它的结果一定是对的，或者源代码一定是对的，代码当然可能是错的，但源代码要是错了我们可以检查出来，而要是人工操作哪里出了岔子就很难查错，比如你本来应该点这个按钮，结果你当时点了另一个，如果没有完整的屏幕录像，恐怕追溯结果的来源时就比较困难了。源代码通常是文本文件，可以放入版本控制如GIT或SVN，记录完整的修改历史。附带说一句，版本控制（Version Control）工具是忍者必备工具，后面会用专门用一章讲，你要是不会这东西的话，别跟别人说你看过这本书。
 
@@ -159,23 +157,19 @@ knit_hooks$set(par = function(before, options, envir) {
 
 假设我们新造的一个选项叫`par`，它不是**knitr**自带的选项，且跟上面定义的钩子函数同名，那么对下面这个代码段来说，它被执行之前，R会先用`par()`函数设置图形边距参数，因为这是钩子函数定义要执行的任务：
 
-```
-<<good-margin, par=TRUE>>=
-plot(1)
-@
-```
+    <<good-margin, par=TRUE>>=
+    plot(1)
+    @
 
 注意钩子函数被触发的条件是相应的选项取值非空，所以这里`par`取值`TRUE`或`FALSE`或`123`都无所谓。代码段钩子让我们可以把常见的次要任务抽象出来，用一个代码段选项去控制它们的执行。比如上面设定图形边距就是一个非常常见的任务，但要是把这样的代码在每个代码段中的都写一遍的话，就太啰嗦了，而且重复敲代码是大忌！每当你想复制粘贴一段代码的时候都要三思，我真的不需要想办法把这段代码抽象出去吗？
 
 输出钩子用来装裱输出，**knitr**的透明性也体现在这一类钩子上，它可以把R的各类输出都交给用户，让用户决定怎么处理这些输出。所有可能的输出有：源代码、普通文本、警告消息、普通消息、错误消息和图形。每一种有一个对应的钩子函数，这些函数接收R的输出，以一定的形式包装它们，再返回输出来。以源代码为例，它的钩子名为`source`，如果我们定义：
 
-```
-<<source-hook>>=
-knit_hooks$set(source = function(x, options) {
-  paste('\\begin{myEnvironment}', x, '\\end{myEnvironment}')
-})
-@
-```
+    <<source-hook>>=
+    knit_hooks$set(source = function(x, options) {
+      paste('\\begin{myEnvironment}', x, '\\end{myEnvironment}')
+    })
+    @
 
 那么在输出的时候所有R源代码都会被放在`myEnvironment`环境中（当然，你得事先定义好这个环境，不然LaTeX会报错）。钩子函数中，`x`是当前代码段的输出，`options`是所有选项的一个列表。
 
@@ -203,11 +197,9 @@ knit_hooks$set(source = function(x, options) {
 
 在LyX中输入R代码可以用快捷键`Ctrl + L`，然后按前面介绍的LaTeX类语法写（为什么是LaTeX语法？）：
 
-```
-<<hello-world, echo=FALSE>>=
-print('hello world!')
-@
-```
+    <<hello-world, echo=FALSE>>=
+    print('hello world!')
+    @
 
 事实上**knitr**包的大多数PDF手册都是用LyX写的，读者可以在这里找到它们：