Skip to content
This repository has been archived by the owner on Aug 16, 2024. It is now read-only.

Commit

Permalink
columns match DH expectations
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
@turbomam
turbomam committed Jan 25, 2022
1 parent b7129d7 commit f95de61
Show file tree
Hide file tree
Showing 5 changed files with 62 additions and 56 deletions.
1 change: 1 addition & 0 deletions Makefile
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -33,4 +33,5 @@ target/soils_indented.tsv: target/envo_sco.tsv target/envo_labs.tsv
--lab_tab_file_name target/envo_labs.tsv \
--pad_char _ \
--pad_count 2 \
--parent_term 'broad-scale environmental context' \
--indented_tsv $@ > $@
Binary file modified hident/__pycache__/hident.cpython-39.pyc
View file
Binary file not shown.
7 changes: 6 additions & 1 deletion hident/hident.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -81,6 +81,7 @@ def get_ids_labs(self) -> pd.DataFrame:
ids = self.idlist
labs = self.lablist
id_lab_frame = pd.concat([pd.Series(ids, name='id'), pd.Series(labs, name='indented_lab')], axis=1)
id_lab_frame.columns = ['Ontology ID', 'label']
return id_lab_frame

def add(self, term_id):
Expand Down Expand Up @@ -209,9 +210,11 @@ def wrapper(self):
help="What padding character will be used for left-hand indentation?")
@click.option('--pad_count', default=2, show_default=True,
help="How man pad_chars per indent level?")
@click.option('--parent_term', show_default=True,
help="assert a parent term/section, i.e. for DataHarmonizer")
@click.option('--indented_tsv', type=click.Path(), required=True,
help="output TSV file")
def hident(curie_file_name, sco_tab_file_name, lab_tab_file_name, indented_tsv, pad_char, pad_count):
def hident(curie_file_name, sco_tab_file_name, lab_tab_file_name, indented_tsv, pad_char, pad_count, parent_term):
"""
Starting with a list of CURIEs and a dataframe of subclass/superclass relations (full IRIs),
generate a list of labels with indentation to indicate hierarchy.
Expand All @@ -231,6 +234,8 @@ def hident(curie_file_name, sco_tab_file_name, lab_tab_file_name, indented_tsv,
current_indentables.wrapper()
id_lab_frame = current_indentables.get_ids_labs()
# # left_aligned_ilf = id_lab_frame.style.set_properties(**{'text-align': 'left'})
if parent_term != '' and parent_term is not None:
id_lab_frame['parent class'] = parent_term
id_lab_frame.to_csv(indented_tsv, sep="\t", index=False)


Expand Down
2 changes: 1 addition & 1 deletion pyproject.toml
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,6 +1,6 @@
[tool.poetry]
name = "hident"
version = "0.1.5"
version = "0.1.6"
description = ""
authors = ["Mark A. Miller <[email protected]>"]

Expand Down
108 changes: 54 additions & 54 deletions target/soils_indented.tsv
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,54 +1,54 @@
id indented_lab
ENVO:01001835 alpine biome [ENVO:01001835]
ENVO:01001505 __alpine tundra biome [ENVO:01001505]
ENVO:01000219 anthropogenic terrestrial biome [ENVO:01000219]
ENVO:01000247 __rangeland biome [ENVO:01000247]
ENVO:01000246 __village biome [ENVO:01000246]
ENVO:01001838 arid biome [ENVO:01001838]
ENVO:01000181 mangrove biome [ENVO:01000181]
ENVO:01001836 montane biome [ENVO:01001836]
ENVO:01000223 __montane savanna biome [ENVO:01000223]
ENVO:01000216 __montane shrubland biome [ENVO:01000216]
ENVO:01000339 polar biome [ENVO:01000339]
ENVO:01000176 shrubland biome [ENVO:01000176]
ENVO:01000216 __montane shrubland biome [ENVO:01000216]
ENVO:01000213 __subtropical shrubland biome [ENVO:01000213]
ENVO:01000217 ____mediterranean shrubland biome [ENVO:01000217]
ENVO:01000215 __temperate shrubland biome [ENVO:01000215]
ENVO:01000214 __tropical shrubland biome [ENVO:01000214]
ENVO:01001837 subalpine biome [ENVO:01001837]
ENVO:01001834 subpolar biome [ENVO:01001834]
ENVO:01001832 subtropical biome [ENVO:01001832]
ENVO:01001833 __mediterranean biome [ENVO:01001833]
ENVO:01000229 ____mediterranean savanna biome [ENVO:01000229]
ENVO:01000217 ____mediterranean shrubland biome [ENVO:01000217]
ENVO:01000208 ____mediterranean woodland biome [ENVO:01000208]
ENVO:01000187 __subtropical savanna biome [ENVO:01000187]
ENVO:01000229 ____mediterranean savanna biome [ENVO:01000229]
ENVO:01000213 __subtropical shrubland biome [ENVO:01000213]
ENVO:01000217 ____mediterranean shrubland biome [ENVO:01000217]
ENVO:01000222 __subtropical woodland biome [ENVO:01000222]
ENVO:01000208 ____mediterranean woodland biome [ENVO:01000208]
ENVO:01001831 temperate biome [ENVO:01001831]
ENVO:01000189 __temperate savanna biome [ENVO:01000189]
ENVO:01000215 __temperate shrubland biome [ENVO:01000215]
ENVO:01000221 __temperate woodland biome [ENVO:01000221]
ENVO:01001830 tropical biome [ENVO:01001830]
ENVO:01000188 __tropical savanna biome [ENVO:01000188]
ENVO:01000214 __tropical shrubland biome [ENVO:01000214]
ENVO:01000220 __tropical woodland biome [ENVO:01000220]
ENVO:01000180 tundra biome [ENVO:01000180]
ENVO:01001505 __alpine tundra biome [ENVO:01001505]
ENVO:01000249 urban biome [ENVO:01000249]
ENVO:01000175 woodland biome [ENVO:01000175]
ENVO:01000178 __savanna biome [ENVO:01000178]
ENVO:01000190 ____flooded savanna biome [ENVO:01000190]
ENVO:01000223 ____montane savanna biome [ENVO:01000223]
ENVO:01000187 ____subtropical savanna biome [ENVO:01000187]
ENVO:01000229 ______mediterranean savanna biome [ENVO:01000229]
ENVO:01000189 ____temperate savanna biome [ENVO:01000189]
ENVO:01000188 ____tropical savanna biome [ENVO:01000188]
ENVO:01000222 __subtropical woodland biome [ENVO:01000222]
ENVO:01000208 ____mediterranean woodland biome [ENVO:01000208]
ENVO:01000221 __temperate woodland biome [ENVO:01000221]
ENVO:01000220 __tropical woodland biome [ENVO:01000220]
Ontology ID label parent class
ENVO:01001835 alpine biome [ENVO:01001835] broad-scale environmental context
ENVO:01001505 __alpine tundra biome [ENVO:01001505] broad-scale environmental context
ENVO:01000219 anthropogenic terrestrial biome [ENVO:01000219] broad-scale environmental context
ENVO:01000247 __rangeland biome [ENVO:01000247] broad-scale environmental context
ENVO:01000246 __village biome [ENVO:01000246] broad-scale environmental context
ENVO:01001838 arid biome [ENVO:01001838] broad-scale environmental context
ENVO:01000181 mangrove biome [ENVO:01000181] broad-scale environmental context
ENVO:01001836 montane biome [ENVO:01001836] broad-scale environmental context
ENVO:01000223 __montane savanna biome [ENVO:01000223] broad-scale environmental context
ENVO:01000216 __montane shrubland biome [ENVO:01000216] broad-scale environmental context
ENVO:01000339 polar biome [ENVO:01000339] broad-scale environmental context
ENVO:01000176 shrubland biome [ENVO:01000176] broad-scale environmental context
ENVO:01000216 __montane shrubland biome [ENVO:01000216] broad-scale environmental context
ENVO:01000213 __subtropical shrubland biome [ENVO:01000213] broad-scale environmental context
ENVO:01000217 ____mediterranean shrubland biome [ENVO:01000217] broad-scale environmental context
ENVO:01000215 __temperate shrubland biome [ENVO:01000215] broad-scale environmental context
ENVO:01000214 __tropical shrubland biome [ENVO:01000214] broad-scale environmental context
ENVO:01001837 subalpine biome [ENVO:01001837] broad-scale environmental context
ENVO:01001834 subpolar biome [ENVO:01001834] broad-scale environmental context
ENVO:01001832 subtropical biome [ENVO:01001832] broad-scale environmental context
ENVO:01001833 __mediterranean biome [ENVO:01001833] broad-scale environmental context
ENVO:01000229 ____mediterranean savanna biome [ENVO:01000229] broad-scale environmental context
ENVO:01000217 ____mediterranean shrubland biome [ENVO:01000217] broad-scale environmental context
ENVO:01000208 ____mediterranean woodland biome [ENVO:01000208] broad-scale environmental context
ENVO:01000187 __subtropical savanna biome [ENVO:01000187] broad-scale environmental context
ENVO:01000229 ____mediterranean savanna biome [ENVO:01000229] broad-scale environmental context
ENVO:01000213 __subtropical shrubland biome [ENVO:01000213] broad-scale environmental context
ENVO:01000217 ____mediterranean shrubland biome [ENVO:01000217] broad-scale environmental context
ENVO:01000222 __subtropical woodland biome [ENVO:01000222] broad-scale environmental context
ENVO:01000208 ____mediterranean woodland biome [ENVO:01000208] broad-scale environmental context
ENVO:01001831 temperate biome [ENVO:01001831] broad-scale environmental context
ENVO:01000189 __temperate savanna biome [ENVO:01000189] broad-scale environmental context
ENVO:01000215 __temperate shrubland biome [ENVO:01000215] broad-scale environmental context
ENVO:01000221 __temperate woodland biome [ENVO:01000221] broad-scale environmental context
ENVO:01001830 tropical biome [ENVO:01001830] broad-scale environmental context
ENVO:01000188 __tropical savanna biome [ENVO:01000188] broad-scale environmental context
ENVO:01000214 __tropical shrubland biome [ENVO:01000214] broad-scale environmental context
ENVO:01000220 __tropical woodland biome [ENVO:01000220] broad-scale environmental context
ENVO:01000180 tundra biome [ENVO:01000180] broad-scale environmental context
ENVO:01001505 __alpine tundra biome [ENVO:01001505] broad-scale environmental context
ENVO:01000249 urban biome [ENVO:01000249] broad-scale environmental context
ENVO:01000175 woodland biome [ENVO:01000175] broad-scale environmental context
ENVO:01000178 __savanna biome [ENVO:01000178] broad-scale environmental context
ENVO:01000190 ____flooded savanna biome [ENVO:01000190] broad-scale environmental context
ENVO:01000223 ____montane savanna biome [ENVO:01000223] broad-scale environmental context
ENVO:01000187 ____subtropical savanna biome [ENVO:01000187] broad-scale environmental context
ENVO:01000229 ______mediterranean savanna biome [ENVO:01000229] broad-scale environmental context
ENVO:01000189 ____temperate savanna biome [ENVO:01000189] broad-scale environmental context
ENVO:01000188 ____tropical savanna biome [ENVO:01000188] broad-scale environmental context
ENVO:01000222 __subtropical woodland biome [ENVO:01000222] broad-scale environmental context
ENVO:01000208 ____mediterranean woodland biome [ENVO:01000208] broad-scale environmental context
ENVO:01000221 __temperate woodland biome [ENVO:01000221] broad-scale environmental context
ENVO:01000220 __tropical woodland biome [ENVO:01000220] broad-scale environmental context

0 comments on commit f95de61

Please sign in to comment.