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linux 常用命令
export CPLUS_INCLUDE_PATH=$CPLUS_INCLUDE_PATH:绝对路径
export C_INCLUDE_PATH=$C_INCLUDE_PATH:绝对路径
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:绝对路径
export PATH=$PATH:绝对路径
单个用户无法ssh 除了key要配对之外，要检查用户目录和.ssh目录以及里面文件的权限，如果用户组对用户目录和ssh目录有写权限，那么sshd将不会信任authorized_keys里面的内容
iostat -d -x -k 1 10
打开emacs提示
emacs: error while loading shared libraries: libotf.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
首先
locate libotf.so.0
发现这个库是存在的
/usr/lib64/compat-openmpi/lib/libotf.so.0
/usr/lib64/compat-openmpi/lib/libotf.so.0.0.1
/usr/lib64/compat-openmpi-psm/lib/libotf.so.0
/usr/lib64/compat-openmpi-psm/lib/libotf.so.0.0.1
所以修改环境变量
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/compat-openmpi/lib
It works!
服务器A可以连接外网
服务器B和A在同样的内网
如果想让B去连接外网，首先要在服务器A上面开启端口转发
sysctl -a |grep 'net.ipv4.ip_forward'
如果值为1，那么说明端口转发已经打开，否则需要编辑/etc/sysctl.conf 在里面找到net.ipv4.ip_forward并且修改为
net.ipv4.ip_forward = 1
然后sysctl -p开启端口转发
其次在机器A上用iptables开启转发
iptables -t nat -A POSTROUTING -o eth1 -s 10.10.10.101 -j MASQUERADE
其中10.10.10.10.101是服务器B的内网地址，eth1是服务器A的内网网口
随后要在机器B上将其内网的网关修改为服务器A的内网地址
例如找到文件/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth3
添加
GATEWAY=10.10.10.252
DNS1="114.114.114.114"
其中DNS1为解析域名的dns
最后重启机器B的网络
service network restart
parallel -j 8 --sshloginfile nodefile --workdir $PWD < 01.raxml.pl.sh
# 会在每个节点上并行跑8个，nodefile格式如下:
user@node1
user@node2
export LANG="en_US.UTF-8"
export LANG="zh_CN.UTF-8"
如果存储节点的某个挂载的分区掉了，那么nfs在启动的时候可能会卡住，即使是重启了整个存储节点，也无法启动nfs
这个时候需要在/etc/exports里面把对应的分区给注释掉，然后再重启存储节点
安装的时候没有注意，让默认/下面的空间很小，如果有一些程序需要用到/里面空间的话（例如mysql），就会空间不足
如下是一个扩展/root的方法，前提是硬盘是Linux LVM（可以用fdisk -l查看）
lvextend -L500G /dev/mapper/fedora-root
xfs_growfs /dev/mapper/fedora-root
findmnt --target /tmp # 查看tmp大小
mount -o remount,size=400G,noatime /tmp # 增加tmpfs的大小
ncurses-static # samtools 1.5需要
gnuplot # psmc需要
java-1.8.0-openjdk
boost-static # busco需要
dh-autoreconf # autogen
java-1.8.0-openjdk
java-1.8.0-openjdk-devel
gsl gsl-devel eigen3-devel blas-devel lapack-devel atlas-static
cmake
autoconf
automake
libtool
everything
7-zip
jre
mega
notepad++
office
adobe illustrator
endnote
xftp
xshell
foxit reader
chrome
firefox
visual code studio
R
anaconda2
可以使用quota这个软件进行配置
报错提示如下
fatal error: Eigen/Dense: No such file or directory
需要安装eigen3-devel，然后把
#include <Eigen/Dense>
修改为
#include <eigen3/Eigen/Dense>
出现错误error: call of overloaded ‘abs(int)’ is ambiguous 需要在bddata.cpp代码里面加入一个库
#include <cmath>
有些软件不能处理gz文件，比如platanus，同时也不能接收多个文件的管道，这时候可以用下面这个方法
首先是用mkfifo生成一个有名字的管道，然后把这个有名字的管道给这些不太好用的软件，这种也可以用来做python的一些处理
mkfifo file1.fifo
mkfifo file2.fifo
gunzip -c file1.gz > file1.fifo &
gunzip -c file2.gz > file2.fifo &
lftp 用户名:密码@ftp地址:传送端口
mput *gz
命令为:
lftp sra:[email protected]
如果是sftp的话
lftp sftp://bentc37:[email protected]:22
lftp sftp://用户名：密码@ftp地址：端口
ls -nd xxx
- linux修改用户组
groupadd groupname
chgrp -R groupname /mnt/diskname
usermod -a -G groupname user
# 关键在于，添加用户组之后，需要退出重新登录才能生效
/etc/fstab
添加
10.10.10.210:/mnt/diskname /mnt/diskname nfs rsize=32768,wsize=32768 0 0
chgrp -R planck /mnt/diskname
mkdir /mnt/diskname
mount -a
groupadd groupname
usermod -a -G groupname user01
usermod -a -G groupname user02
在/etc/ssh/sshd_config中加入
AllowUsers root user01 user02
然后重启sshd
systemctl restart sshd
- "packet_write_wait: Connection to port 22: Broken pipe"报错的解决办法
I have tried this in /etc/ssh/ssh_config for Linux and Mac:
ClientAliveInterval 20
ClientAliveCountMax 20
shift < 和 shift >
这个错误“umount.nfs: /run/tmp1: device is busy”
fuser -m -v -i -k /run/tmp1 # 谨慎使用
zsh: corrupt history file /home/share/users/user01//.zsh_history
mv .zsh_history .zsh_history_bad
strings .zsh_history_bad > .zsh_history
fc -R .zsh_history
undefined reference to `isnumber'
需要修改models/phasemodel.c
将文件23行的isnumber改成isdigit
ctrl+win+c #坑爹
1.备份
mv /etc/yum.repos.d/fedora.repo /etc/yum.repos.d/fedora.repo.backup
mv /etc/yum.repos.d/fedora-updates.repo /etc/yum.repos.d/fedora-updates.repo.backup
2.下载新的fedora.repo和fedora-updates.repo 到/etc/yum.repos.d/
wget -O /etc/yum.repos.d/fedora.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/fedora.repo
wget -O /etc/yum.repos.d/fedora-updates.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/fedora-updates.repo
3.运行sudo dnf makecache生成缓存（Fedora从22版本弃用yum换成dnf，yum命令还可以用，只是每次使用系统都会提醒换成dnf。）
- 查看默认的内核
grub2-editenv list
- 查看所有内核
cat /boot/grub2/grub.cfg | grep menuentry
- 替换内核（这儿只能使用上面命令输出中双引号 “ ” 或者单引号 ‘ ‘ 中的内容）
grub2-set-default 'xxx'
- 最后查看一下启动内核
grub2-editenv list
去这个地方寻找epel-release的地址https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/Packages/e/ 首先 rpm -vih https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/Packages/e/epel-release-7-11.noarch.rpm 然后 yum clean all && yum makecache
ssh-localhost-exits-with-debug1-exit-status-1 运行
chown root:root /var/empty
chmod 755 /var/empty
chmod 711 /var/empty/sshd
groupadd docker
gpasswd -a wangkun docker
systemctl restart docker
然后退出重新登录账号
cpupower -c all frequency-set -g performance
cpupower monitor -i 1 通过这个查看频率
修改环境变量.bashrc或.zshrc：
PYTHONSTARTUP='/home/users/xx/.pythonstartup'
export PYTHONSTARTUP
写入.pythonstartup文件
try:
import readline
except ImportError:
print " readline not available"
else:
import rlcompleter
readline.parse_and_bind("tab: complete")
用了一下showbf -v这个命令
发现
ERROR: cannot send request to server localhost:42559 (server may not be running)
ERROR: cannot request service (status)
在网上搜了一下，是maui没有启动的问题
/etc/init.d/maui.d start
启动一下就好了
在/opt里面找到maui.cfg
修改MAXPROC参数
然后重启maui
pbsnodes -o node4 #下架
pbsnodes -c node4 #上架
修改/etc/ssh/sshd_config
将GSSAPIAuthentication修改为no
再加上UseDNS no这一行
time dd if=test.log bs=8k count=300000 of=/dev/null
time dd if=/dev/zero bs=8k count=300000 of=test.log
gsettings set org.gnome.Terminal.Legacy.Keybindings:/org/gnome/terminal/legacy/keybindings/ next-tab '<Primary>Tab'
gsettings set org.gnome.Terminal.Legacy.Keybindings:/org/gnome/terminal/legacy/keybindings/ prev-tab '<Primary><Shift>Tab'